Spectronaut 20.4.260109.92449
Computer Name: HALBARAD
User Domain Name: SPECTROMASSE
User Name: locard
Analysis Mode: UI
Analysis Type: directDIA
Analysis Date: 24-February-2026 16:36:01 UTC +01:00 


[BEGIN-SETTINGS]
Settings Used: BGS Factory Settings
   ├─ DIA Analysis\Calibration
   │  ├─ MZ Extraction Strategy:	Maximum Intensity
   │  ├─ Allow source specific iRT Calibration:	True
   │  ├─ Precision iRT:	True
   │  │  ├─ Exclude De-amidated Peptides:	True
   │  │  └─ iRT <-> RT Regression Type:	Local (Non-Linear) Regression
   │  ├─ MS1 Mass Tolerance Strategy:	System Default
   │  └─ MS2 Mass Tolerance Strategy:	System Default
   ├─ DIA Analysis\Identification
   │  ├─ Precursor Qvalue Cutoff:	0,01
   │  ├─ Precursor Qvalue Cutoff (Experiment):	0,01
   │  ├─ Precursor PEP Cutoff:	0,2
   │  ├─ Protein Qvalue Cutoff (Experiment):	0,01
   │  ├─ Protein Qvalue Cutoff (Run):	0,05
   │  ├─ Protein PEP Cutoff:	0,75
   │  ├─ Single Hit Definition:	By Stripped Sequence
   │  ├─ Single Hit Protein Rule:	Stratified Single Hit Protein FDR
   │  ├─ Run-Level Protein Scoring:	All Observations
   │  ├─ Exclude Duplicate Assays:	True
   │  ├─ Exclude Predicted Fragment Scores:	False
   │  ├─ Generate Decoys:	True
   │  │  ├─ Decoy Generation Method:	Mutated
   │  │  │  └─ Preferred Fragment Source:	NN Predicted Fragments
   │  │  └─ Decoy Limit Strategy:	Dynamic
   │  │     └─ Library Size Fraction:	0,1
   │  ├─ ISF Filter Rule:	Keep "Likely In-Source Fragmented" Peptides
   │  └─ Pvalue Estimator:	Kernel Density Estimator
   ├─ DIA Analysis\Pipeline Mode
   │  ├─ Export All XICs:	False
   │  ├─ Export report in Parquet format:	False
   │  ├─ Generate SNE File:	True
   │  │  └─ Store Ion traces in SNE:	True
   │  ├─ Post Analysis Reports:	
   │  │  ├─ Binned CVs:	False
   │  │  ├─ Binned Identification:	False
   │  │  ├─ CV Density Line Chart:	False
   │  │  ├─ CVs Below X Bar Chart:	False
   │  │  ├─ Data Completeness Bar Chart:	False
   │  │  ├─ Modification Enrichment:	False
   │  │  ├─ Run Identifications Bar Chart:	False
   │  │  ├─ Scoring Histograms:	False
   │  │  └─ TIC Overlay:	False
   │  ├─ PTM Report Schema:	
   │  ├─ Report Schema:	BGS Factory Report (Normal)
   │  └─ Reporting Unit:	Across Experiment
   ├─ DIA Analysis\Post Analysis
   │  ├─ Differential Abundance Testing:	Unpaired t-test
   │  │  ├─ Assume Equal Variance:	False
   │  │  ├─ Group-Wise Testing Correction:	False
   │  │  ├─ Log2 Ratio Candidate Filter:	0,58
   │  │  └─ Confidence Candidate Filter:	Qvalue
   │  │     └─ Confidence:	0,05
   │  ├─ Differential Abundance Grouping:	Major Group (Quantification Settings)
   │  │  └─ Smallest Quantitative Unit:	Major Group (Quantification Settings)
   │  │     └─ Use All MS-Level Quantities:	False
   │  ├─ Calculate Explained TIC:	None
   │  ├─ Calculate Sample Correlation Matrix:	False
   │  ├─ Gene Ontology:	\\GANDALF\locard\AppData\Spectronaut\geneOntology\Ontologies\bgs_default_go-basic.obo
   │  └─ Hierarchical Clustering:	True
   │     ├─ Distance Metric:	Manhattan Distance
   │     ├─ Linkage Strategy:	Ward's Method
   │     ├─ Order Runs by Clustering:	True
   │     └─ Z-score Transformation:	False
   ├─ DIA Analysis\Protein Inference
   │  └─ Protein Inference Workflow:	Automatic
   │     └─ Inference Algorithm:	All Matching Proteins
   ├─ DIA Analysis\PTM Workflow
   │  ├─ Input Normalization Strategy:	None
   │  └─ PTM Localization:	False
   ├─ DIA Analysis\Quantification
   │  ├─ Precursor Filtering:	Identified (Qvalue)
   │  │  ├─ Imputation Strategy:	None
   │  │  └─ Multi Channel Qvalue Filter:	Group Qvalue
   │  ├─ Proteotypicity Filter:	Only Proteotypic
   │  ├─ Protein LFQ Method:	Automatic
   │  ├─ Quantity MS Level:	MS2
   │  ├─ Quantity Type:	Area
   │  ├─ Cross-Run Normalization:	True
   │  │  ├─ Normalization Filter Type:	None
   │  │  ├─ Normalization Strategy:	Automatic
   │  │  └─ Row Selection:	Automatic
   │  ├─ Perform background noise removal:	True
   │  ├─ Quantification window:	Synchronized
   │  ├─ Interference Correction:	True
   │  │  ├─ Only Identified Peptides:	True
   │  │  ├─ Exclude All Multi-Channel Interferences:	True
   │  │  ├─ MS1 Min:	2
   │  │  └─ MS2 Min:	3
   │  ├─ Major Group Quantity:	Mean peptide quantity
   │  ├─ Minor (Peptide) Grouping:	by Stripped Sequence
   │  ├─ Major (Protein) Grouping:	by Protein Group Id
   │  ├─ Major Group Top N:	True
   │  │  ├─ Max:	3
   │  │  └─ Min:	1
   │  ├─ Minor Group Quantity:	Mean precursor quantity
   │  ├─ Minor Group Top N:	True
   │  │  ├─ Max:	3
   │  │  └─ Min:	1
   │  ├─ Use Log2 Quantity Filter:	True
   │  │  └─ Minimum Log2 Precursor Quantity:	0
   │  └─ Perform IM Peak Picking for Quantification:	True
   ├─ DIA Analysis\Workflow
   │  ├─ Method Evaluation:	False
   │  ├─ MS2 DeMultiplexing:	Automatic
   │  ├─ Multi-Channel Workflow Definition:	From Library Annotation
   │  │  └─ Fallback Option:	Labeled
   │  ├─ Profiling Strategy:	None
   │  ├─ Run Limit for directDIA Library:	-1
   │  ├─ Hybrid (DDA + DIA) Library:	False
   │  └─ Unify Peptide Peaks Strategy:	None
   ├─ DIA Analysis\XIC Extraction
   │  ├─ XIC IM Extraction Window:	Dynamic
   │  │  └─ Correction Factor:	1
   │  ├─ XIC RT Extraction Window:	Dynamic
   │  │  └─ Correction Factor:	1
   │  ├─ MS1 Mass Tolerance Strategy:	Dynamic
   │  │  └─ Correction Factor:	1
   │  └─ MS2 Mass Tolerance Strategy:	Dynamic
   │     └─ Correction Factor:	1
   ├─ Pulsar Search\Identification
   │  ├─ Grouped Peptide FDR:	None
   │  ├─ PSM FDR:	0,01
   │  ├─ Peptide FDR:	0,01
   │  ├─ Protein Group FDR:	0,01
   │  ├─ directDIA Workflow:	directDIA+ (Deep)
   │  │  ├─ IM Sampling Reduction:	7
   │  │  └─ RT Sampling Reduction:	1
   │  ├─ PTM Localization Filter:	False
   │  └─ Semi-Specific Pipeline:	Smart Enumeration (SN20)
   ├─ Pulsar Search\iRT Calibration
   │  ├─ Calibrate from Empirical RT:	False
   │  ├─ Auto-assign iRT source:	True
   │  ├─ iRT Reference Strategy:	Deep Learning Assisted iRT Regression
   │  ├─ Use Source Specific iRT:	Auto
   │  └─ Minimum Rsquare:	0,8
   ├─ Pulsar Search\Labeling
   │  └─ Channels:	
   │     ├─ Channel 1:	False
   │     ├─ Channel 2:	False
   │     ├─ Channel 3:	False
   │     ├─ Channel 4:	False
   │     └─ Channel 5:	False
   ├─ Pulsar Search\Modifications
   │  └─ Search Mode:	Closed Search
   │     ├─ Max Variable Modifications:	5
   │     ├─ Fixed Modifications::	Carbamidomethyl (C)
   │     └─ Variable Modifications::	Acetyl (Protein N-term), Oxidation (M)
   ├─ Pulsar Search\Peptides
   │  ├─ Enzymes / Cleavage Rules:	Trypsin/P
   │  ├─ Digest Type:	Specific
   │  ├─ Decoy Generation Rule:	KR
   │  ├─ Max Peptide Length:	52
   │  ├─ Min Peptide Length:	7
   │  ├─ Missed Cleavages:	2
   │  └─ Toggle N-terminal M:	True
   ├─ Pulsar Search\Result Filters
   │  ├─ Fragment Ions:	
   │  │  ├─ Ion AA Length:	True
   │  │  │  └─ N:	3
   │  │  ├─ Ion Charge:	False
   │  │  ├─ Ion Loss Type:	False
   │  │  ├─ Ion Type:	False
   │  │  ├─ m/z :	True
   │  │  │  ├─ Max:	3000
   │  │  │  └─ Min:	200
   │  │  ├─ Overlapping between Channels:	False
   │  │  └─ Relative Intensity:	True
   │  │     └─ Min:	1
   │  └─ Precursors:	
   │     ├─ Amino Acids:	False
   │     ├─ Best N Fragments per Peptide:	True
   │     │  ├─ Max:	6
   │     │  └─ Min:	3
   │     ├─ Best N Peptides per Protein Group:	False
   │     ├─ Channel Count:	False
   │     ├─ FASTA Matched:	False
   │     ├─ Missed Cleavage:	False
   │     ├─ Modifications:	None
   │     ├─ Peptide Charge:	False
   │     └─ Proteotypicity:	False
   ├─ Pulsar Search\Speed-Up
   │  ├─ MS2 Index:	Automatic
   │  └─ diaPASEF Pre-Processing:	Automatic
   ├─ Pulsar Search\Tolerances
   │  └─ Tolerance Parameters:	
   │     ├─ Thermo IonTrap:	
   │     │  ├─ Calibration Search:	Dynamic
   │     │  │  ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │     │  │  └─ MS2 Correction Factor:	1
   │     │  └─ Main Search:	Dynamic
   │     │     ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │     │     └─ MS2 Correction Factor:	1
   │     ├─ Thermo Orbitrap:	
   │     │  ├─ Calibration Search:	Dynamic
   │     │  │  ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │     │  │  └─ MS2 Correction Factor:	1
   │     │  └─ Main Search:	Dynamic
   │     │     ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │     │     └─ MS2 Correction Factor:	1
   │     └─ TOF:	
   │        ├─ Calibration Search:	Dynamic
   │        │  ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │        │  └─ MS2 Correction Factor:	1
   │        └─ Main Search:	Dynamic
   │           ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │           └─ MS2 Correction Factor:	1
   └─ Pulsar Search\Workflow
      ├─ Fragment Ion Selection Strategy:	Intensity Based
      ├─ In-Silico Generate Missing Channels:	False
      └─ Use DNN Predicted Ion Mobility:	Auto
[END-SETTINGS]

[BEGIN-SETUP]
Run: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw
   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1
   ├─ Path: "D:\Utilisateurs\locard\raw_files\ProteoBench\DIA_Astral\LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw"
   ├─ Condition: Not Defined
   ├─ Replicate: 1
   ├─ HTRMS Version: 20.4.260109.92449
   ├─ Protein Databases Used
   │  └─ ProteoBenchFASTA_MixedSpecies_HYE
   │     ├─ Protein Entries: 31 889
   │     ├─ Original File: ProteoBenchFASTA_MixedSpecies_HYE.fasta
   │     ├─ Date Created: 24-February-2026 09:47:25 UTC +01:00 
   │     ├─ Date Modified: 24-February-2026 13:08:48 UTC +01:00 
   │     └─ Parsing Rule: UniProt FASTA
   └─ MS2 Method
      ├─ [380,4 - 382,4]
      ├─ [382,4 - 384,4]
      ├─ [384,4 - 386,4]
      ├─ [386,4 - 388,4]
      ├─ [388,4 - 390,4]
      ├─ [390,4 - 392,4]
      ├─ [392,4 - 394,4]
      ├─ [394,4 - 396,4]
      ├─ [396,4 - 398,4]
      ├─ [398,4 - 400,4]
      ├─ [400,4 - 402,4]
      ├─ [402,4 - 404,4]
      ├─ [404,4 - 406,4]
      ├─ [406,4 - 408,4]
      ├─ [408,4 - 410,4]
      ├─ [410,4 - 412,4]
      ├─ [412,4 - 414,4]
      ├─ [414,4 - 416,4]
      ├─ [416,4 - 418,4]
      ├─ [418,4 - 420,4]
      ├─ [420,4 - 422,4]
      ├─ [422,4 - 424,4]
      ├─ [424,4 - 426,4]
      ├─ [426,4 - 428,4]
      ├─ [428,4 - 430,4]
      ├─ [430,4 - 432,4]
      ├─ [432,4 - 434,4]
      ├─ [434,4 - 436,4]
      ├─ [436,4 - 438,4]
      ├─ [438,4 - 440,5]
      ├─ [440,5 - 442,5]
      ├─ [442,5 - 444,5]
      ├─ [444,5 - 446,5]
      ├─ [446,5 - 448,5]
      ├─ [448,5 - 450,5]
      ├─ [450,5 - 452,5]
      ├─ [452,5 - 454,5]
      ├─ [454,5 - 456,5]
      ├─ [456,5 - 458,5]
      ├─ [458,5 - 460,5]
      ├─ [460,5 - 462,5]
      ├─ [462,5 - 464,5]
      ├─ [464,5 - 466,5]
      ├─ [466,5 - 468,5]
      ├─ [468,5 - 470,5]
      ├─ [470,5 - 472,5]
      ├─ [472,5 - 474,5]
      ├─ [474,5 - 476,5]
      ├─ [476,5 - 478,5]
      ├─ [478,5 - 480,5]
      ├─ [480,5 - 482,5]
      ├─ [482,5 - 484,5]
      ├─ [484,5 - 486,5]
      ├─ [486,5 - 488,5]
      ├─ [488,5 - 490,5]
      ├─ [490,5 - 492,5]
      ├─ [492,5 - 494,5]
      ├─ [494,5 - 496,5]
      ├─ [496,5 - 498,5]
      ├─ [498,5 - 500,5]
      ├─ [500,5 - 502,5]
      ├─ [502,5 - 504,5]
      ├─ [504,5 - 506,5]
      ├─ [506,5 - 508,5]
      ├─ [508,5 - 510,5]
      ├─ [510,5 - 512,5]
      ├─ [512,5 - 514,5]
      ├─ [514,5 - 516,5]
      ├─ [516,5 - 518,5]
      ├─ [518,5 - 520,5]
      ├─ [520,5 - 522,5]
      ├─ [522,5 - 524,5]
      ├─ [524,5 - 526,5]
      ├─ [526,5 - 528,5]
      ├─ [528,5 - 530,5]
      ├─ [530,5 - 532,5]
      ├─ [532,5 - 534,5]
      ├─ [534,5 - 536,5]
      ├─ [536,5 - 538,5]
      ├─ [538,5 - 540,5]
      ├─ [540,5 - 542,5]
      ├─ [542,5 - 544,5]
      ├─ [544,5 - 546,5]
      ├─ [546,5 - 548,5]
      ├─ [548,5 - 550,5]
      ├─ [550,5 - 552,5]
      ├─ [552,5 - 554,5]
      ├─ [554,5 - 556,5]
      ├─ [556,5 - 558,5]
      ├─ [558,5 - 560,5]
      ├─ [560,5 - 562,5]
      ├─ [562,5 - 564,5]
      ├─ [564,5 - 566,5]
      ├─ [566,5 - 568,5]
      ├─ [568,5 - 570,5]
      ├─ [570,5 - 572,5]
      ├─ [572,5 - 574,5]
      ├─ [574,5 - 576,5]
      ├─ [576,5 - 578,5]
      ├─ [578,5 - 580,5]
      ├─ [580,5 - 582,5]
      ├─ [582,5 - 584,5]
      ├─ [584,5 - 586,5]
      ├─ [586,5 - 588,5]
      ├─ [588,5 - 590,5]
      ├─ [590,5 - 592,5]
      ├─ [592,5 - 594,5]
      ├─ [594,5 - 596,5]
      ├─ [596,5 - 598,5]
      ├─ [598,5 - 600,5]
      ├─ [600,5 - 602,5]
      ├─ [602,5 - 604,5]
      ├─ [604,5 - 606,5]
      ├─ [606,5 - 608,5]
      ├─ [608,5 - 610,5]
      ├─ [610,5 - 612,5]
      ├─ [612,5 - 614,5]
      ├─ [614,5 - 616,5]
      ├─ [616,5 - 618,5]
      ├─ [618,5 - 620,5]
      ├─ [620,5 - 622,5]
      ├─ [622,5 - 624,5]
      ├─ [624,5 - 626,5]
      ├─ [626,5 - 628,5]
      ├─ [628,5 - 630,5]
      ├─ [630,5 - 632,5]
      ├─ [632,5 - 634,5]
      ├─ [634,5 - 636,5]
      ├─ [636,5 - 638,5]
      ├─ [638,5 - 640,5]
      ├─ [640,5 - 642,5]
      ├─ [642,5 - 644,5]
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      ├─ [646,5 - 648,5]
      ├─ [648,5 - 650,5]
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      ├─ [656,5 - 658,5]
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      ├─ [676,6 - 678,6]
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      ├─ [680,6 - 682,6]
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      ├─ [686,6 - 688,6]
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      ├─ [690,6 - 692,6]
      ├─ [692,6 - 694,6]
      ├─ [694,6 - 696,6]
      ├─ [696,6 - 698,6]
      ├─ [698,6 - 700,6]
      ├─ [700,6 - 702,6]
      ├─ [702,6 - 704,6]
      ├─ [704,6 - 706,6]
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      ├─ [708,6 - 710,6]
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Run: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw
   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2
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   ├─ Condition: Not Defined
   ├─ Replicate: 2
   ├─ HTRMS Version: 20.4.260109.92449
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   │     ├─ Date Modified: 24-February-2026 13:08:48 UTC +01:00 
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Run: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw
   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3
   ├─ Path: "D:\Utilisateurs\locard\raw_files\ProteoBench\DIA_Astral\LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw"
   ├─ Condition: Not Defined
   ├─ Replicate: 3
   ├─ HTRMS Version: 20.4.260109.92449
   ├─ Protein Databases Used
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   │     ├─ Date Created: 24-February-2026 09:47:25 UTC +01:00 
   │     ├─ Date Modified: 24-February-2026 13:08:48 UTC +01:00 
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   └─ MS2 Method
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   ├─ Vendor: Thermo
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   ├─ Condition: Not Defined
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Run: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw
   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2
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   ├─ Condition: Not Defined
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   │     ├─ Date Modified: 24-February-2026 13:08:48 UTC +01:00 
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Run: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw
   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3
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   ├─ Condition: Not Defined
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   │     ├─ Date Modified: 24-February-2026 13:08:48 UTC +01:00 
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   └─ MS2 Method
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      ├─ [938,7 - 940,7]
      ├─ [940,7 - 942,7]
      ├─ [942,7 - 944,7]
      ├─ [944,7 - 946,7]
      ├─ [946,7 - 948,7]
      ├─ [948,7 - 950,7]
      ├─ [950,7 - 952,7]
      ├─ [952,7 - 954,7]
      ├─ [954,7 - 956,7]
      ├─ [956,7 - 958,7]
      ├─ [958,7 - 960,7]
      ├─ [960,7 - 962,7]
      ├─ [962,7 - 964,7]
      ├─ [964,7 - 966,7]
      ├─ [966,7 - 968,7]
      ├─ [968,7 - 970,7]
      ├─ [970,7 - 972,7]
      ├─ [972,7 - 974,7]
      ├─ [974,7 - 976,7]
      ├─ [976,7 - 978,7]
      └─ [978,7 - 980,7]

[END-SETUP]

[BEGIN-LOG]
INFO:    [24/02/2026 16:05:11] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [24/02/2026 16:05:12] -> Loading...
INFO:    [24/02/2026 16:05:12] -> Loading SNE File: D:\Utilisateurs\locard\SpectronautFiles\20260224_095004_PB_ModulePG_DIAAstral_allpep_noGrouping.sne
INFO:    [24/02/2026 09:50:05] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [24/02/2026 09:50:05] -> Preprocessing Run #1 of 6...
INFO:    [24/02/2026 09:50:06] -> Searching DIA with Pulsar...
INFO:    [24/02/2026 09:50:08] -> Initialize Pipeline...
INFO:    [24/02/2026 09:50:08] -> Initialize Pipeline
INFO:    [24/02/2026 09:50:14] -> Initialize Pipeline...
INFO:    [24/02/2026 09:50:14] -> Creating Experiment Environment
INFO:    [24/02/2026 09:50:15] -> SuperRun 1/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw)
INFO:    [24/02/2026 09:50:15] -> Run 1/6: Organizing Data from Run
INFO:    [24/02/2026 09:50:15] -> Run 1/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [24/02/2026 09:50:17] -> Collecting Search Space Parameters...
INFO:    [24/02/2026 09:50:21] -> Creating the Search Space...
INFO:    [24/02/2026 09:50:21] -> Run 1/6: Creating Search Space...
INFO:    [24/02/2026 09:50:21] -> Collecting Search Space Parameters...
INFO:    [24/02/2026 09:50:36] -> Creating the Search Space...
INFO:    [24/02/2026 09:50:37] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [24/02/2026 09:50:37] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [24/02/2026 09:50:37] -> Run 1/6: MS2 Index Generation
INFO:    [24/02/2026 09:52:01] -> MS2 Index Generation Time: 1.4m
INFO:    [24/02/2026 09:52:01] -> Run 1/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [24/02/2026 09:52:02] -> Initializing...
INFO:    [24/02/2026 09:52:45] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [24/02/2026 09:53:49] -> Processed in 1.8m
INFO:    [24/02/2026 09:53:50] -> Done
INFO:    [24/02/2026 09:53:50] -> Run 1/6: Process Raw File...
INFO:    [24/02/2026 09:54:01] -> Run 1/6: Preparing Partitions...
INFO:    [24/02/2026 09:54:01] -> Part 1/1 - Run 1/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [24/02/2026 09:54:03] -> Part 1/1 - Run 1/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 09:54:19] -> Part 1/1 - Run 1/6: Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 09:54:25] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0.01 is 5941 [5.7s]
INFO:    [24/02/2026 09:54:29] -> Part 1/1 - Run 1/6: Preparing Main Search...
INFO:    [24/02/2026 09:54:31] -> Part 1/1 - Run 1/6: Main Search...
INFO:    [24/02/2026 09:56:42] -> Extracting 339802 MS1 XICs
INFO:    [24/02/2026 09:57:54] -> Run 1/6: Cleaning Up Run...
INFO:    [24/02/2026 09:57:55] -> SuperRun 2/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw)
INFO:    [24/02/2026 09:57:55] -> Run 2/6: Organizing Data from Run
INFO:    [24/02/2026 09:57:55] -> Run 2/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [24/02/2026 09:57:55] -> Run 2/6: Creating Search Space...
INFO:    [24/02/2026 09:57:55] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [24/02/2026 09:57:55] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [24/02/2026 09:57:55] -> Run 2/6: MS2 Index Generation
INFO:    [24/02/2026 09:57:56] -> MS2 Index Generation Time: 1.08s
INFO:    [24/02/2026 09:57:56] -> Run 2/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [24/02/2026 09:57:57] -> Initializing...
INFO:    [24/02/2026 09:58:37] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [24/02/2026 09:59:40] -> Processed in 1.7m
INFO:    [24/02/2026 09:59:41] -> Done
INFO:    [24/02/2026 09:59:41] -> Run 2/6: Process Raw File...
INFO:    [24/02/2026 09:59:54] -> Run 2/6: Preparing Partitions...
INFO:    [24/02/2026 09:59:54] -> Part 1/1 - Run 2/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [24/02/2026 09:59:55] -> Part 1/1 - Run 2/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 10:00:10] -> Part 1/1 - Run 2/6: Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 10:00:16] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0.01 is 6226 [5.7s]
INFO:    [24/02/2026 10:00:21] -> Part 1/1 - Run 2/6: Preparing Main Search...
INFO:    [24/02/2026 10:00:22] -> Part 1/1 - Run 2/6: Main Search...
INFO:    [24/02/2026 10:02:27] -> Extracting 339262 MS1 XICs
INFO:    [24/02/2026 10:03:40] -> Run 2/6: Cleaning Up Run...
INFO:    [24/02/2026 10:03:42] -> SuperRun 3/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw)
INFO:    [24/02/2026 10:03:42] -> Run 3/6: Organizing Data from Run
INFO:    [24/02/2026 10:03:42] -> Run 3/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [24/02/2026 10:03:42] -> Run 3/6: Creating Search Space...
INFO:    [24/02/2026 10:03:42] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [24/02/2026 10:03:42] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [24/02/2026 10:03:42] -> Run 3/6: MS2 Index Generation
INFO:    [24/02/2026 10:03:43] -> MS2 Index Generation Time: 1.08s
INFO:    [24/02/2026 10:03:43] -> Run 3/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [24/02/2026 10:03:44] -> Initializing...
INFO:    [24/02/2026 10:04:24] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [24/02/2026 10:05:22] -> Processed in 1.6m
INFO:    [24/02/2026 10:05:23] -> Done
INFO:    [24/02/2026 10:05:23] -> Run 3/6: Process Raw File...
INFO:    [24/02/2026 10:05:35] -> Run 3/6: Preparing Partitions...
INFO:    [24/02/2026 10:05:35] -> Part 1/1 - Run 3/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [24/02/2026 10:05:37] -> Part 1/1 - Run 3/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 10:05:53] -> Part 1/1 - Run 3/6: Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 10:06:02] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0.01 is 5874 [9.1s]
INFO:    [24/02/2026 10:06:07] -> Part 1/1 - Run 3/6: Preparing Main Search...
INFO:    [24/02/2026 10:06:08] -> Part 1/1 - Run 3/6: Main Search...
INFO:    [24/02/2026 10:08:30] -> Extracting 340177 MS1 XICs
INFO:    [24/02/2026 10:09:45] -> Run 3/6: Cleaning Up Run...
INFO:    [24/02/2026 10:09:46] -> SuperRun 4/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw)
INFO:    [24/02/2026 10:09:46] -> Run 4/6: Organizing Data from Run
INFO:    [24/02/2026 10:09:46] -> Run 4/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [24/02/2026 10:09:46] -> Run 4/6: Creating Search Space...
INFO:    [24/02/2026 10:09:46] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [24/02/2026 10:09:46] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [24/02/2026 10:09:46] -> Run 4/6: MS2 Index Generation
INFO:    [24/02/2026 10:09:47] -> MS2 Index Generation Time: 1.06s
INFO:    [24/02/2026 10:09:47] -> Run 4/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [24/02/2026 10:09:48] -> Initializing...
INFO:    [24/02/2026 10:10:27] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [24/02/2026 10:11:47] -> Processed in 2m
INFO:    [24/02/2026 10:11:48] -> Done
INFO:    [24/02/2026 10:11:48] -> Run 4/6: Process Raw File...
INFO:    [24/02/2026 10:12:01] -> Run 4/6: Preparing Partitions...
INFO:    [24/02/2026 10:12:01] -> Part 1/1 - Run 4/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [24/02/2026 10:12:02] -> Part 1/1 - Run 4/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 10:12:17] -> Part 1/1 - Run 4/6: Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 10:12:26] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0.01 is 5500 [9.1s]
INFO:    [24/02/2026 10:12:30] -> Part 1/1 - Run 4/6: Preparing Main Search...
INFO:    [24/02/2026 10:12:32] -> Part 1/1 - Run 4/6: Main Search...
INFO:    [24/02/2026 10:14:40] -> Extracting 331596 MS1 XICs
INFO:    [24/02/2026 10:15:56] -> Run 4/6: Cleaning Up Run...
INFO:    [24/02/2026 10:15:57] -> SuperRun 5/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw)
INFO:    [24/02/2026 10:15:57] -> Run 5/6: Organizing Data from Run
INFO:    [24/02/2026 10:15:57] -> Run 5/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [24/02/2026 10:15:57] -> Run 5/6: Creating Search Space...
INFO:    [24/02/2026 10:15:57] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [24/02/2026 10:15:57] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [24/02/2026 10:15:57] -> Run 5/6: MS2 Index Generation
INFO:    [24/02/2026 10:15:58] -> MS2 Index Generation Time: 1.07s
INFO:    [24/02/2026 10:15:58] -> Run 5/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [24/02/2026 10:15:59] -> Initializing...
INFO:    [24/02/2026 10:16:39] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [24/02/2026 10:17:40] -> Processed in 1.7m
INFO:    [24/02/2026 10:17:41] -> Done
INFO:    [24/02/2026 10:17:41] -> Run 5/6: Process Raw File...
INFO:    [24/02/2026 10:17:55] -> Run 5/6: Preparing Partitions...
INFO:    [24/02/2026 10:17:55] -> Part 1/1 - Run 5/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [24/02/2026 10:17:56] -> Part 1/1 - Run 5/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 10:18:10] -> Part 1/1 - Run 5/6: Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 10:18:19] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0.01 is 5987 [9s]
INFO:    [24/02/2026 10:18:24] -> Part 1/1 - Run 5/6: Preparing Main Search...
INFO:    [24/02/2026 10:18:25] -> Part 1/1 - Run 5/6: Main Search...
INFO:    [24/02/2026 10:20:49] -> Extracting 331332 MS1 XICs
INFO:    [24/02/2026 10:22:01] -> Run 5/6: Cleaning Up Run...
INFO:    [24/02/2026 10:22:04] -> SuperRun 6/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw)
INFO:    [24/02/2026 10:22:04] -> Run 6/6: Organizing Data from Run
INFO:    [24/02/2026 10:22:04] -> Run 6/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [24/02/2026 10:22:05] -> Run 6/6: Creating Search Space...
INFO:    [24/02/2026 10:22:05] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [24/02/2026 10:22:05] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [24/02/2026 10:22:05] -> Run 6/6: MS2 Index Generation
INFO:    [24/02/2026 10:22:06] -> MS2 Index Generation Time: 1.07s
INFO:    [24/02/2026 10:22:06] -> Run 6/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [24/02/2026 10:22:06] -> Initializing...
INFO:    [24/02/2026 10:22:44] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [24/02/2026 10:23:44] -> Processed in 1.6m
INFO:    [24/02/2026 10:23:44] -> Done
INFO:    [24/02/2026 10:23:44] -> Run 6/6: Process Raw File...
INFO:    [24/02/2026 10:23:56] -> Run 6/6: Preparing Partitions...
INFO:    [24/02/2026 10:23:56] -> Part 1/1 - Run 6/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [24/02/2026 10:23:57] -> Part 1/1 - Run 6/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 10:24:13] -> Part 1/1 - Run 6/6: Calibration Search...
INFO:    [24/02/2026 10:24:22] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0.01 is 5906 [9s]
INFO:    [24/02/2026 10:24:26] -> Part 1/1 - Run 6/6: Preparing Main Search...
INFO:    [24/02/2026 10:24:27] -> Part 1/1 - Run 6/6: Main Search...
INFO:    [24/02/2026 10:27:00] -> Extracting 334134 MS1 XICs
INFO:    [24/02/2026 10:28:17] -> Run 6/6: Cleaning Up Run...
INFO:    [24/02/2026 10:28:25] -> Remove Aborted Runs (if any) from the Experiment...
INFO:    [24/02/2026 10:28:25] -> Score Post-Processing
INFO:    [24/02/2026 10:30:50] -> Score Post-Processing: 2.4m
INFO:    [24/02/2026 10:30:50] -> PSM FDR...
INFO:    [24/02/2026 10:31:24] -> PSM FDR: 34.29s
INFO:    [24/02/2026 10:31:24] -> Converting to non-redundant data structure...
INFO:    [24/02/2026 10:31:47] -> Performing Peptide FDR...
INFO:    [24/02/2026 10:31:50] -> Performing Protein Inference...
INFO:    [24/02/2026 10:31:53] -> Performing Protein FDR...
INFO:    [24/02/2026 10:31:54] -> Calculating Result Values at Run and Experiment Level...
INFO:    [24/02/2026 10:32:07] -> Pulsar identified 320499 PSMs, 69838 stripped sequences, 78042 peptide precursors, 7678 protein groups.
INFO:    [24/02/2026 10:32:07] -> iRT Calibration...
INFO:    [24/02/2026 10:32:10] -> Performing directDIA+ search fine tuning...
INFO:    [24/02/2026 10:35:06] -> Performing directDIA+ search...
INFO:    [24/02/2026 10:35:06] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw
INFO:    [24/02/2026 10:41:56] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw
INFO:    [24/02/2026 10:49:57] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw
INFO:    [24/02/2026 10:58:12] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw
INFO:    [24/02/2026 11:06:47] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw
INFO:    [24/02/2026 11:17:01] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw
INFO:    [24/02/2026 11:26:30] -> Total nr of Searched Peptides: 1 863 081 of 3 151 988
INFO:    [24/02/2026 11:26:30] -> Initializing Combined Protein Inference...
INFO:    [24/02/2026 11:26:37] -> Performing Protein Inference...
INFO:    [24/02/2026 11:26:52] -> Performing Protein FDR...
INFO:    [24/02/2026 11:26:54] -> Calculating Result Values at Run and Experiment Level...
INFO:    [24/02/2026 11:27:24] -> Pulsar identified 320508 PSMs, 69847 stripped sequences, 78051 peptide precursors, 7710 protein groups.
INFO:    [24/02/2026 11:27:24] -> Calculating Summary...
INFO:    [24/02/2026 11:27:36] -> Identifying Calibration Peptides...
INFO:    [24/02/2026 11:27:42] -> Performing directDIA+ Post Processing...
INFO:    [24/02/2026 11:28:32] -> Combining Protein-Group FDR Results...
INFO:    [24/02/2026 11:28:35] -> Combined Protein-Group Identifications at 1% Qvalue: 9 474
INFO:    [24/02/2026 11:28:35] -> Writing experiment store..
INFO:    [24/02/2026 11:29:07] -> Assigning iRT Source...
INFO:    [24/02/2026 11:29:07] -> Calculating iRT...
INFO:    [24/02/2026 11:29:08] -> Cleaning Up Experiment...
INFO:    [24/02/2026 11:29:08] -> Summarizing Identifications
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INFO:    [24/02/2026 11:34:45] -> Predicting Ion Mobility
INFO:    [24/02/2026 11:35:16] -> Calculating Median iRT
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INFO:    [24/02/2026 11:35:27] -> Digesting Fasta...
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INFO:    [24/02/2026 11:35:30] -> Grouping Proteins...
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INFO:    [24/02/2026 11:52:47] -> Machine Learning...
INFO:    [24/02/2026 11:52:58] -> Pipeline executed in 1.23m - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
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INFO:    [24/02/2026 12:17:38] -> Unique precursors: 120 600 of 128 366 | modified peptides: 110 372 of 117 052 | peptides: 105 896 of 111 985 |  protein groups: 9 362 (Qvalue <= 0.01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw]
INFO:    [24/02/2026 12:17:39] -> Annotating In-Source Fragmentation...
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INFO:    [24/02/2026 12:25:55] -> Unique precursors: 121 397 of 128 366 | modified peptides: 111 087 of 117 052 | peptides: 106 592 of 111 985 |  protein groups: 9 376 (Qvalue <= 0.01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw]
INFO:    [24/02/2026 12:25:55] -> Annotating In-Source Fragmentation...
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INFO:    [24/02/2026 12:34:05] -> Unique precursors: 121 362 of 128 366 | modified peptides: 111 071 of 117 052 | peptides: 106 596 of 111 985 |  protein groups: 9 365 (Qvalue <= 0.01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw]
INFO:    [24/02/2026 12:34:05] -> Annotating In-Source Fragmentation...
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INFO:    [24/02/2026 12:34:07] -> Processed in 8.17m
INFO:    [24/02/2026 12:34:07] -> Initializing QC...
INFO:    [24/02/2026 12:34:07] -> Determining Calibration Parameter...
INFO:    [24/02/2026 12:34:08] -> Assigning ML Features...
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INFO:    [24/02/2026 12:42:24] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [24/02/2026 12:42:32] -> Unique precursors: 120 560 of 128 366 | modified peptides: 110 364 of 117 052 | peptides: 105 710 of 111 985 |  protein groups: 9 358 (Qvalue <= 0.01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw]
INFO:    [24/02/2026 12:42:32] -> Annotating In-Source Fragmentation...
INFO:    [24/02/2026 12:42:34] -> Collapsing Search Tree...
INFO:    [24/02/2026 12:42:34] -> Processed in 8.45m
INFO:    [24/02/2026 12:42:34] -> Initializing QC...
INFO:    [24/02/2026 12:42:34] -> Determining Calibration Parameter...
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INFO:    [24/02/2026 12:51:15] -> Reducing Score Cache...
INFO:    [24/02/2026 12:51:35] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [24/02/2026 12:51:44] -> Unique precursors: 121 270 of 128 366 | modified peptides: 110 996 of 117 052 | peptides: 106 284 of 111 985 |  protein groups: 9 383 (Qvalue <= 0.01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw]
INFO:    [24/02/2026 12:51:44] -> Annotating In-Source Fragmentation...
INFO:    [24/02/2026 12:51:46] -> Collapsing Search Tree...
INFO:    [24/02/2026 12:51:46] -> Processed in 9.19m
INFO:    [24/02/2026 12:51:46] -> Initializing QC...
INFO:    [24/02/2026 12:51:46] -> Determining Calibration Parameter...
INFO:    [24/02/2026 12:51:47] -> Assigning ML Features...
INFO:    [24/02/2026 12:51:47] -> Generating Decoys...
INFO:    [24/02/2026 12:51:49] -> Extracting Ion Currents...
INFO:    [24/02/2026 12:55:10] -> Releasing Raw Files...
INFO:    [24/02/2026 12:55:10] -> Machine Learning...
INFO:    [24/02/2026 13:00:32] -> Initializing HTRMS...
INFO:    [24/02/2026 13:00:32] -> Releasing Run Resources...
INFO:    [24/02/2026 13:00:33] -> Reducing Score Cache...
INFO:    [24/02/2026 13:00:52] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [24/02/2026 13:01:00] -> Unique precursors: 122 464 of 128 366 | modified peptides: 112 027 of 117 052 | peptides: 107 300 of 111 985 |  protein groups: 9 395 (Qvalue <= 0.01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw]
INFO:    [24/02/2026 13:01:00] -> Annotating In-Source Fragmentation...
INFO:    [24/02/2026 13:01:02] -> Collapsing Search Tree...
INFO:    [24/02/2026 13:01:02] -> Processed in 9.27m
INFO:    [24/02/2026 13:01:03] -> Normalizing Cscores...
INFO:    [24/02/2026 13:01:04] -> Calculating Global CVs
INFO:    [24/02/2026 13:01:08] -> Calculating Profile Qvalues...
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INFO:    [24/02/2026 13:02:16] -> Correcting Interferences...
INFO:    [24/02/2026 13:03:24] -> Calculating Global CVs
INFO:    [24/02/2026 13:03:27] -> Calculating Precursor Quantities...
INFO:    [24/02/2026 13:03:27] -> Normalizing Quantification...
INFO:    [24/02/2026 13:03:33] -> Performing Local Normalization...
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INFO:    [24/02/2026 13:03:39] -> Calculating Condition CVs
INFO:    [24/02/2026 13:03:47] -> Excluding Library Duplicates...
INFO:    [24/02/2026 13:03:50] -> Calculating Global CVs
INFO:    [24/02/2026 13:03:52] -> Building Protein Groups...
INFO:    [24/02/2026 13:04:58] -> Calculating Run-Wise Protein Group FDR...
INFO:    [24/02/2026 13:05:14] -> Annotating Protein Single Hits...
INFO:    [24/02/2026 13:05:18] -> Calculating Global CVs
INFO:    [24/02/2026 13:05:21] -> Updating Identification Counts...
INFO:    [24/02/2026 13:05:29] -> Subtracting background noise...
INFO:    [24/02/2026 13:05:29] -> Resetting existing imputation...
INFO:    [24/02/2026 13:05:29] -> Calculating Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 13:05:33] -> Calculating Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 13:05:34] -> Calculating MaxLFQ Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 13:05:57] -> Collapsing PTM-Locations...
INFO:    [24/02/2026 13:05:57] -> PTM Stoichiometry calculation...
INFO:    [24/02/2026 13:05:58] -> Creating Protein Map...
INFO:    [24/02/2026 13:05:58] -> Compiling Run Summary Information...
INFO:    [24/02/2026 13:05:59] -> Running Post Analysis Processes...
INFO:    [24/02/2026 13:08:28] -> Saving Qc Data...
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Writing Summary Information...
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Unique precursors: 114 812 of 128 366 | modified peptides: 105 355 of 117 052 | peptides: 101 249 of 111 985 |  protein groups: 10 927 (Qvalue <= 0.01) for run #1 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw"
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Unique precursors: 115 463 of 128 366 | modified peptides: 105 945 of 117 052 | peptides: 101 818 of 111 985 |  protein groups: 10 944 (Qvalue <= 0.01) for run #2 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw"
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Unique precursors: 115 424 of 128 366 | modified peptides: 105 902 of 117 052 | peptides: 101 796 of 111 985 |  protein groups: 10 931 (Qvalue <= 0.01) for run #3 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw"
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Unique precursors: 114 766 of 128 366 | modified peptides: 105 313 of 117 052 | peptides: 101 055 of 111 985 |  protein groups: 10 926 (Qvalue <= 0.01) for run #4 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw"
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Unique precursors: 115 229 of 128 366 | modified peptides: 105 772 of 117 052 | peptides: 101 495 of 111 985 |  protein groups: 10 959 (Qvalue <= 0.01) for run #5 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw"
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Unique precursors: 116 364 of 128 366 | modified peptides: 106 728 of 117 052 | peptides: 102 436 of 111 985 |  protein groups: 10 965 (Qvalue <= 0.01) for run #6 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw"
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Unique precursors: 119 663 of 128 366 | modified peptides: 109 528 of 117 052 | peptides: 105 069 of 111 985 |  protein groups: 11 037 (Qvalue <= 0.01) for whole experiment "PB_ModulePG_DIAAstral_allpep_noGrouping"

INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Saving SNE File...
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Storing SNE File: D:\Utilisateurs\tmp spectronaut result storage\20260224_095004_PB_ModulePG_DIAAstral_allpep_noGrouping.sne
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [24/02/2026 13:08:48] -> Saving...
INFO:    [24/02/2026 16:06:13] -> Applying settings to loaded experiment...
INFO:    [24/02/2026 16:06:14] -> Updating the condition setup for the experiment
INFO:    [24/02/2026 16:06:16] -> Updating Quantities...
INFO:    [24/02/2026 16:06:16] -> Unifying Meta...
INFO:    [24/02/2026 16:06:17] -> Normalizing Cscores...
INFO:    [24/02/2026 16:06:19] -> Calculating Global CVs
INFO:    [24/02/2026 16:06:23] -> Calculating Profile Qvalues...
INFO:    [24/02/2026 16:06:28] -> Linking References...
INFO:    [24/02/2026 16:06:36] -> Initializing Protein Groups...
INFO:    [24/02/2026 16:07:06] -> Building Protein Groups...
INFO:    [24/02/2026 16:07:13] -> Annotating In-Source Fragmentation...
INFO:    [24/02/2026 16:07:13] -> Calculating Run-Wise Protein Group FDR...
INFO:    [24/02/2026 16:07:31] -> Annotating Protein Single Hits...
INFO:    [24/02/2026 16:07:35] -> Normalizing Quantification...
INFO:    [24/02/2026 16:07:36] -> Calculating Global CVs
INFO:    [24/02/2026 16:07:39] -> Updating Identification Counts...
INFO:    [24/02/2026 16:07:52] -> Subtracting background noise...
INFO:    [24/02/2026 16:07:52] -> Resetting existing imputation...
INFO:    [24/02/2026 16:07:53] -> Calculating Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 16:07:58] -> Calculating Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 16:07:58] -> Calculating MaxLFQ Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 16:08:18] -> Collapsing PTM-Locations...
INFO:    [24/02/2026 16:08:18] -> PTM Stoichiometry calculation...
INFO:    [24/02/2026 16:08:18] -> Calculating Condition CVs
INFO:    [24/02/2026 16:08:25] -> Creating Protein Map...
INFO:    [24/02/2026 16:08:25] -> Compiling Run Summary Information...
INFO:    [24/02/2026 16:08:26] -> Running Post Analysis Processes...
INFO:    [24/02/2026 16:10:53] -> Writing Summary Information...
INFO:    [24/02/2026 16:10:53] -> Unique precursors: 114 812 of 128 366 | modified peptides: 105 355 of 117 052 | peptides: 101 249 of 111 985 |  protein groups: 10 927 (Qvalue <= 0,01) for run #1 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:10:53] -> Unique precursors: 115 463 of 128 366 | modified peptides: 105 945 of 117 052 | peptides: 101 818 of 111 985 |  protein groups: 10 944 (Qvalue <= 0,01) for run #2 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:10:53] -> Unique precursors: 115 424 of 128 366 | modified peptides: 105 902 of 117 052 | peptides: 101 796 of 111 985 |  protein groups: 10 931 (Qvalue <= 0,01) for run #3 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:10:53] -> Unique precursors: 114 766 of 128 366 | modified peptides: 105 313 of 117 052 | peptides: 101 055 of 111 985 |  protein groups: 10 926 (Qvalue <= 0,01) for run #4 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:10:53] -> Unique precursors: 115 229 of 128 366 | modified peptides: 105 772 of 117 052 | peptides: 101 495 of 111 985 |  protein groups: 10 959 (Qvalue <= 0,01) for run #5 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:10:53] -> Unique precursors: 116 364 of 128 366 | modified peptides: 106 728 of 117 052 | peptides: 102 436 of 111 985 |  protein groups: 10 965 (Qvalue <= 0,01) for run #6 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:10:53] -> Unique precursors: 119 663 of 128 366 | modified peptides: 109 528 of 117 052 | peptides: 105 069 of 111 985 |  protein groups: 11 037 (Qvalue <= 0,01) for whole experiment "PB_ModulePG_DIAAstral_allpep_noGrouping"

INFO:    [24/02/2026 16:10:54] -> Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [24/02/2026 16:10:54] -> Pipeline executed in 5,7m - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [24/02/2026 16:13:42] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [24/02/2026 16:13:59] -> Resetting existing imputation...
INFO:    [24/02/2026 16:14:00] -> Calculating Run-Wise Protein Group FDR...
INFO:    [24/02/2026 16:14:18] -> Calculating Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 16:14:26] -> Calculating Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 16:14:26] -> Calculating MaxLFQ Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 16:14:53] -> Collapsing PTM-Locations...
INFO:    [24/02/2026 16:14:53] -> PTM Stoichiometry calculation...
INFO:    [24/02/2026 16:14:53] -> Calculating Global CVs
INFO:    [24/02/2026 16:14:56] -> Updating Identification Counts...
INFO:    [24/02/2026 16:15:14] -> Calculating Condition CVs
INFO:    [24/02/2026 16:15:25] -> Creating Protein Map...
INFO:    [24/02/2026 16:15:25] -> Running Post Analysis Processes...
INFO:    [24/02/2026 16:19:55] -> Writing Summary Information...
INFO:    [24/02/2026 16:19:55] -> Unique precursors: 114 812 of 128 366 | modified peptides: 105 355 of 117 052 | peptides: 101 249 of 111 985 |  protein groups: 10 927 (Qvalue <= 0,01) for run #1 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:19:55] -> Unique precursors: 115 463 of 128 366 | modified peptides: 105 945 of 117 052 | peptides: 101 818 of 111 985 |  protein groups: 10 944 (Qvalue <= 0,01) for run #2 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:19:55] -> Unique precursors: 115 424 of 128 366 | modified peptides: 105 902 of 117 052 | peptides: 101 796 of 111 985 |  protein groups: 10 931 (Qvalue <= 0,01) for run #3 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:19:55] -> Unique precursors: 114 766 of 128 366 | modified peptides: 105 313 of 117 052 | peptides: 101 055 of 111 985 |  protein groups: 10 926 (Qvalue <= 0,01) for run #4 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:19:55] -> Unique precursors: 115 229 of 128 366 | modified peptides: 105 772 of 117 052 | peptides: 101 495 of 111 985 |  protein groups: 10 959 (Qvalue <= 0,01) for run #5 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:19:55] -> Unique precursors: 116 364 of 128 366 | modified peptides: 106 728 of 117 052 | peptides: 102 436 of 111 985 |  protein groups: 10 965 (Qvalue <= 0,01) for run #6 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:19:55] -> Unique precursors: 119 663 of 128 366 | modified peptides: 109 528 of 117 052 | peptides: 105 069 of 111 985 |  protein groups: 11 037 (Qvalue <= 0,01) for whole experiment "PB_ModulePG_DIAAstral_allpep_noGrouping"

INFO:    [24/02/2026 16:19:56] -> Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [24/02/2026 16:19:56] -> Pipeline executed in 6,23m - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [24/02/2026 16:26:46] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [24/02/2026 16:26:47] -> Resetting existing imputation...
INFO:    [24/02/2026 16:26:48] -> Calculating Run-Wise Protein Group FDR...
INFO:    [24/02/2026 16:27:06] -> Calculating Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 16:27:15] -> Calculating Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 16:27:16] -> Calculating MaxLFQ Protein Quantities...
INFO:    [24/02/2026 16:27:38] -> Collapsing PTM-Locations...
INFO:    [24/02/2026 16:27:38] -> PTM Stoichiometry calculation...
INFO:    [24/02/2026 16:27:38] -> Calculating Global CVs
INFO:    [24/02/2026 16:27:43] -> Updating Identification Counts...
INFO:    [24/02/2026 16:28:02] -> Calculating Condition CVs
INFO:    [24/02/2026 16:28:12] -> Creating Protein Map...
INFO:    [24/02/2026 16:28:13] -> Running Post Analysis Processes...
INFO:    [24/02/2026 16:31:28] -> Writing Summary Information...
INFO:    [24/02/2026 16:31:29] -> Unique precursors: 114 812 of 128 366 | modified peptides: 105 355 of 117 052 | peptides: 101 249 of 111 985 |  protein groups: 10 927 (Qvalue <= 0,01) for run #1 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:31:29] -> Unique precursors: 115 463 of 128 366 | modified peptides: 105 945 of 117 052 | peptides: 101 818 of 111 985 |  protein groups: 10 944 (Qvalue <= 0,01) for run #2 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:31:29] -> Unique precursors: 115 424 of 128 366 | modified peptides: 105 902 of 117 052 | peptides: 101 796 of 111 985 |  protein groups: 10 931 (Qvalue <= 0,01) for run #3 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:31:29] -> Unique precursors: 114 766 of 128 366 | modified peptides: 105 313 of 117 052 | peptides: 101 055 of 111 985 |  protein groups: 10 926 (Qvalue <= 0,01) for run #4 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:31:29] -> Unique precursors: 115 229 of 128 366 | modified peptides: 105 772 of 117 052 | peptides: 101 495 of 111 985 |  protein groups: 10 959 (Qvalue <= 0,01) for run #5 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:31:29] -> Unique precursors: 116 364 of 128 366 | modified peptides: 106 728 of 117 052 | peptides: 102 436 of 111 985 |  protein groups: 10 965 (Qvalue <= 0,01) for run #6 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw"
INFO:    [24/02/2026 16:31:29] -> Unique precursors: 119 663 of 128 366 | modified peptides: 109 528 of 117 052 | peptides: 105 069 of 111 985 |  protein groups: 11 037 (Qvalue <= 0,01) for whole experiment "PB_ModulePG_DIAAstral_allpep_noGrouping"

INFO:    [24/02/2026 16:31:30] -> Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [24/02/2026 16:31:30] -> Pipeline executed in 4,73m - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
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