Spectronaut 19.9.250512.62635
Computer Name: DESKTOP-IAL02TA
User Domain Name: DESKTOP-IAL02TA
User Name: ProtIMP
Analysis Mode: UI
Analysis Type: directDIA
Analysis Date: 22-May-2025 13:29:20 UTC -07:00 


[BEGIN-SETTINGS]
Settings Used: BGS Factory Settings
   ├─ DIA Analysis\Calibration
   │  ├─ MZ Extraction Strategy:	Maximum Intensity
   │  ├─ Allow source specific iRT Calibration:	True
   │  ├─ Precision iRT:	True
   │  │  ├─ Exclude De-amidated Peptides:	True
   │  │  └─ iRT <-> RT Regression Type:	Local (Non-Linear) Regression
   │  ├─ MS1 Mass Tolerance Strategy:	System Default
   │  └─ MS2 Mass Tolerance Strategy:	System Default
   ├─ DIA Analysis\Identification
   │  ├─ Precursor Qvalue Cutoff:	0,01
   │  ├─ Precursor PEP Cutoff:	0,2
   │  ├─ Protein Qvalue Cutoff (Experiment):	0,01
   │  ├─ Protein Qvalue Cutoff (Run):	0,05
   │  ├─ Protein PEP Cutoff:	0,75
   │  ├─ Single Hit Definition:	By Stripped Sequence
   │  ├─ Exclude Single Hit Proteins:	False
   │  ├─ Exclude Duplicate Assays:	True
   │  ├─ Exclude Predicted Fragment Scores:	False
   │  ├─ Generate Decoys:	True
   │  │  ├─ Decoy Generation Method:	Mutated
   │  │  │  └─ Preferred Fragment Source:	NN Predicted Fragments
   │  │  └─ Decoy Limit Strategy:	Dynamic
   │  │     └─ Library Size Fraction:	0,1
   │  └─ Pvalue Estimator:	Kernel Density Estimator
   ├─ DIA Analysis\Pipeline Mode
   │  ├─ Export All XICs:	False
   │  ├─ Generate SNE File:	True
   │  │  └─ Store Ion traces in SNE:	True
   │  ├─ Post Analysis Reports:	
   │  │  ├─ Binned CVs:	False
   │  │  ├─ Binned Identification:	False
   │  │  ├─ CV Density Line Chart:	False
   │  │  ├─ CVs Below X Bar Chart:	False
   │  │  ├─ Data Completeness Bar Chart:	False
   │  │  ├─ Run Identifications Bar Chart:	False
   │  │  └─ Scoring Histograms:	False
   │  ├─ PTM Report Schema:	
   │  ├─ Report Schema:	BGS Factory Report (Normal)
   │  └─ Reporting Unit:	Across Experiment
   ├─ DIA Analysis\Post Analysis
   │  ├─ Differential Abundance Testing:	Unpaired t-test
   │  │  ├─ Assume Equal Variance:	False
   │  │  ├─ Group-Wise Testing Correction:	False
   │  │  ├─ Log2 Ratio Candidate Filter:	0,58
   │  │  └─ Confidence Candidate Filter:	Qvalue
   │  │     └─ Confidence:	0,05
   │  ├─ Differential Abundance Grouping:	Major Group (Quantification Settings)
   │  │  └─ Smallest Quantitative Unit:	Major Group (Quantification Settings)
   │  │     └─ Use All MS-Level Quantities:	True
   │  ├─ Calculate Explained TIC:	None
   │  ├─ Calculate Sample Correlation Matrix:	False
   │  ├─ Gene Ontology:	C:\Users\ProtClin\AppData\Roaming\Spectronaut\geneOntology\Ontologies\bgs_default_go-basic.obo
   │  └─ Hierarchical Clustering:	True
   │     ├─ Distance Metric:	Manhattan Distance
   │     ├─ Linkage Strategy:	Ward's Method
   │     ├─ Order Runs by Clustering:	True
   │     └─ Z-score Transformation:	False
   ├─ DIA Analysis\Protein Inference
   │  └─ Protein Inference Workflow:	Automatic
   │     └─ Inference Algorithm:	IDPicker
   ├─ DIA Analysis\PTM Workflow
   │  ├─ Input Normalization Strategy:	None
   │  └─ PTM Localization:	False
   ├─ DIA Analysis\Quantification
   │  ├─ Precursor Filtering:	Identified (Qvalue)
   │  │  ├─ Imputation Strategy:	None
   │  │  └─ Multi Channel Qvalue Filter:	Group Qvalue
   │  ├─ Proteotypicity Filter:	None
   │  ├─ Protein LFQ Method:	Automatic
   │  ├─ Quantity MS Level:	MS2
   │  ├─ Quantity Type:	Area
   │  ├─ Cross-Run Normalization:	True
   │  │  ├─ Normalization Filter Type:	None
   │  │  ├─ Normalization Strategy:	Automatic
   │  │  └─ Row Selection:	Automatic
   │  │     ├─ Imputation Strategy:	Use Background Signal
   │  │     └─ Multi Channel Qvalue Filter:	Group Qvalue
   │  ├─ Quantification window:	Synchronized
   │  ├─ Interference Correction:	True
   │  │  ├─ Only Identified Peptides:	True
   │  │  ├─ Exclude All Multi-Channel Interferences:	True
   │  │  ├─ MS1 Min:	2
   │  │  └─ MS2 Min:	3
   │  ├─ Major (Protein) Grouping:	by Protein Group Id
   │  ├─ Minor (Peptide) Grouping:	by Stripped Sequence
   │  ├─ Major Group Quantity:	Mean peptide quantity
   │  ├─ Major Group Top N:	True
   │  │  ├─ Max:	3
   │  │  └─ Min:	1
   │  ├─ Minor Group Quantity:	Mean precursor quantity
   │  ├─ Minor Group Top N:	True
   │  │  ├─ Max:	3
   │  │  └─ Min:	1
   │  ├─ Use Log2 Quantity Filter:	True
   │  │  └─ Minimum Log2 Precursor Quantity:	0
   │  └─ DeepQuant Correction [Beta]:	False
   ├─ DIA Analysis\Workflow
   │  ├─ Method Evaluation:	False
   │  ├─ MS2 DeMultiplexing:	Automatic
   │  ├─ Multi-Channel Workflow Definition:	From Library Annotation
   │  │  └─ Fallback Option:	Labeled
   │  ├─ Profiling Strategy:	None
   │  ├─ Run Limit for directDIA Library:	-1
   │  ├─ Hybrid (DDA + DIA) Library:	False
   │  └─ Unify Peptide Peaks Strategy:	None
   ├─ DIA Analysis\XIC Extraction
   │  ├─ XIC IM Extraction Window:	Dynamic
   │  │  └─ Correction Factor:	1
   │  ├─ XIC RT Extraction Window:	Dynamic
   │  │  └─ Correction Factor:	1
   │  ├─ MS1 Mass Tolerance Strategy:	Dynamic
   │  │  └─ Correction Factor:	1
   │  └─ MS2 Mass Tolerance Strategy:	Dynamic
   │     └─ Correction Factor:	1
   ├─ Pulsar Search\Identification
   │  ├─ PSM FDR:	0,01
   │  ├─ Peptide FDR:	0,01
   │  ├─ Protein Group FDR:	0,01
   │  ├─ directDIA Workflow:	directDIA+ (Deep)
   │  │  └─ RT Sampling Reduction:	1
   │  └─ PTM Localization Filter:	False
   ├─ Pulsar Search\iRT Calibration
   │  ├─ Calibrate from Empirical RT:	False
   │  ├─ Auto-assign iRT source:	True
   │  ├─ iRT Reference Strategy:	Deep Learning Assisted iRT Regression
   │  ├─ Use Source Specific iRT:	Auto
   │  └─ Minimum Rsquare:	0,8
   ├─ Pulsar Search\Labeling
   │  └─ Channels:	
   │     ├─ Channel 1:	False
   │     ├─ Channel 2:	False
   │     ├─ Channel 3:	False
   │     ├─ Channel 4:	False
   │     └─ Channel 5:	False
   ├─ Pulsar Search\Modifications
   │  ├─ Max Variable Modifications:	5
   │  └─ Select Modifications:	
   │     ├─ Fixed Modifications::	Carbamidomethyl (C)
   │     └─ Variable Modifications: :	Acetyl (Protein N-term), Oxidation (M)
   ├─ Pulsar Search\Peptides
   │  ├─ Enzymes / Cleavage Rules:	Trypsin/P
   │  ├─ Digest Type:	Specific
   │  ├─ Decoy Generation Rule:	KR
   │  ├─ Max Peptide Length:	52
   │  ├─ Min Peptide Length:	7
   │  ├─ Missed Cleavages:	2
   │  └─ Toggle N-terminal M:	True
   ├─ Pulsar Search\Result Filters
   │  ├─ Fragment Ions:	
   │  │  ├─ Ion AA Length:	True
   │  │  │  └─ N:	3
   │  │  ├─ Ion Charge:	False
   │  │  ├─ Ion Loss Type:	False
   │  │  ├─ Ion Type:	False
   │  │  ├─ m/z :	True
   │  │  │  ├─ Max:	3000
   │  │  │  └─ Min:	200
   │  │  ├─ Overlapping between Channels:	False
   │  │  └─ Relative Intensity:	True
   │  │     └─ Min:	1
   │  └─ Precursors:	
   │     ├─ Amino Acids:	False
   │     ├─ Best N Fragments per Peptide:	True
   │     │  ├─ Max:	6
   │     │  └─ Min:	3
   │     ├─ Best N Peptides per Protein Group:	False
   │     ├─ Channel Count:	False
   │     ├─ FASTA Matched:	False
   │     ├─ Missed Cleavage:	False
   │     ├─ Modifications:	None
   │     ├─ Peptide Charge:	False
   │     └─ Proteotypicity:	False
   ├─ Pulsar Search\Speed-Up
   │  ├─ MS2 Index:	Automatic
   │  └─ diaPASEF Pre-Processing:	Automatic
   ├─ Pulsar Search\Tolerances
   │  └─ Tolerance Parameters:	
   │     ├─ Thermo IonTrap:	
   │     │  ├─ Calibration Search:	Dynamic
   │     │  │  ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │     │  │  └─ MS2 Correction Factor:	1
   │     │  └─ Main Search:	Dynamic
   │     │     ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │     │     └─ MS2 Correction Factor:	1
   │     ├─ Thermo Orbitrap:	
   │     │  ├─ Calibration Search:	Dynamic
   │     │  │  ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │     │  │  └─ MS2 Correction Factor:	1
   │     │  └─ Main Search:	Dynamic
   │     │     ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │     │     └─ MS2 Correction Factor:	1
   │     └─ TOF:	
   │        ├─ Calibration Search:	Dynamic
   │        │  ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │        │  └─ MS2 Correction Factor:	1
   │        └─ Main Search:	Dynamic
   │           ├─ MS1 Correction Factor:	1
   │           └─ MS2 Correction Factor:	1
   └─ Pulsar Search\Workflow
      ├─ Fragment Ion Selection Strategy:	Intensity Based
      ├─ In-Silico Generate Missing Channels:	False
      └─ Use DNN Predicted Ion Mobility:	Auto
[END-SETTINGS]

[BEGIN-SETUP]
Run: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw
   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1
   ├─ Path: "S:\Proteomics\PRC\PRCRT-336\proteobench\Module_4_DIA_Quantification\RAW\Asral_Spectronaut\LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw"
   ├─ Condition: Condition_A_rep1
   ├─ Replicate: 1
   ├─ HTRMS Version: 19.9.250512.62635
   ├─ Protein Databases Used
   │  └─ ProteoBenchFASTA_DDAQuantification 1
   │     ├─ Protein Entries: 31.889
   │     ├─ Original File: ProteoBenchFASTA_DDAQuantification 1.fasta
   │     ├─ Date Created: 21-May-2025 13:26:58 UTC -07:00 
   │     ├─ Date Modified: 22-May-2025 11:56:32 UTC -07:00 
   │     └─ Parsing Rule: UniProt FASTA
   └─ MS2 Method
      ├─ [380,4 - 382,4]
      ├─ [382,4 - 384,4]
      ├─ [384,4 - 386,4]
      ├─ [386,4 - 388,4]
      ├─ [388,4 - 390,4]
      ├─ [390,4 - 392,4]
      ├─ [392,4 - 394,4]
      ├─ [394,4 - 396,4]
      ├─ [396,4 - 398,4]
      ├─ [398,4 - 400,4]
      ├─ [400,4 - 402,4]
      ├─ [402,4 - 404,4]
      ├─ [404,4 - 406,4]
      ├─ [406,4 - 408,4]
      ├─ [408,4 - 410,4]
      ├─ [410,4 - 412,4]
      ├─ [412,4 - 414,4]
      ├─ [414,4 - 416,4]
      ├─ [416,4 - 418,4]
      ├─ [418,4 - 420,4]
      ├─ [420,4 - 422,4]
      ├─ [422,4 - 424,4]
      ├─ [424,4 - 426,4]
      ├─ [426,4 - 428,4]
      ├─ [428,4 - 430,4]
      ├─ [430,4 - 432,4]
      ├─ [432,4 - 434,4]
      ├─ [434,4 - 436,4]
      ├─ [436,4 - 438,4]
      ├─ [438,4 - 440,5]
      ├─ [440,5 - 442,5]
      ├─ [442,5 - 444,5]
      ├─ [444,5 - 446,5]
      ├─ [446,5 - 448,5]
      ├─ [448,5 - 450,5]
      ├─ [450,5 - 452,5]
      ├─ [452,5 - 454,5]
      ├─ [454,5 - 456,5]
      ├─ [456,5 - 458,5]
      ├─ [458,5 - 460,5]
      ├─ [460,5 - 462,5]
      ├─ [462,5 - 464,5]
      ├─ [464,5 - 466,5]
      ├─ [466,5 - 468,5]
      ├─ [468,5 - 470,5]
      ├─ [470,5 - 472,5]
      ├─ [472,5 - 474,5]
      ├─ [474,5 - 476,5]
      ├─ [476,5 - 478,5]
      ├─ [478,5 - 480,5]
      ├─ [480,5 - 482,5]
      ├─ [482,5 - 484,5]
      ├─ [484,5 - 486,5]
      ├─ [486,5 - 488,5]
      ├─ [488,5 - 490,5]
      ├─ [490,5 - 492,5]
      ├─ [492,5 - 494,5]
      ├─ [494,5 - 496,5]
      ├─ [496,5 - 498,5]
      ├─ [498,5 - 500,5]
      ├─ [500,5 - 502,5]
      ├─ [502,5 - 504,5]
      ├─ [504,5 - 506,5]
      ├─ [506,5 - 508,5]
      ├─ [508,5 - 510,5]
      ├─ [510,5 - 512,5]
      ├─ [512,5 - 514,5]
      ├─ [514,5 - 516,5]
      ├─ [516,5 - 518,5]
      ├─ [518,5 - 520,5]
      ├─ [520,5 - 522,5]
      ├─ [522,5 - 524,5]
      ├─ [524,5 - 526,5]
      ├─ [526,5 - 528,5]
      ├─ [528,5 - 530,5]
      ├─ [530,5 - 532,5]
      ├─ [532,5 - 534,5]
      ├─ [534,5 - 536,5]
      ├─ [536,5 - 538,5]
      ├─ [538,5 - 540,5]
      ├─ [540,5 - 542,5]
      ├─ [542,5 - 544,5]
      ├─ [544,5 - 546,5]
      ├─ [546,5 - 548,5]
      ├─ [548,5 - 550,5]
      ├─ [550,5 - 552,5]
      ├─ [552,5 - 554,5]
      ├─ [554,5 - 556,5]
      ├─ [556,5 - 558,5]
      ├─ [558,5 - 560,5]
      ├─ [560,5 - 562,5]
      ├─ [562,5 - 564,5]
      ├─ [564,5 - 566,5]
      ├─ [566,5 - 568,5]
      ├─ [568,5 - 570,5]
      ├─ [570,5 - 572,5]
      ├─ [572,5 - 574,5]
      ├─ [574,5 - 576,5]
      ├─ [576,5 - 578,5]
      ├─ [578,5 - 580,5]
      ├─ [580,5 - 582,5]
      ├─ [582,5 - 584,5]
      ├─ [584,5 - 586,5]
      ├─ [586,5 - 588,5]
      ├─ [588,5 - 590,5]
      ├─ [590,5 - 592,5]
      ├─ [592,5 - 594,5]
      ├─ [594,5 - 596,5]
      ├─ [596,5 - 598,5]
      ├─ [598,5 - 600,5]
      ├─ [600,5 - 602,5]
      ├─ [602,5 - 604,5]
      ├─ [604,5 - 606,5]
      ├─ [606,5 - 608,5]
      ├─ [608,5 - 610,5]
      ├─ [610,5 - 612,5]
      ├─ [612,5 - 614,5]
      ├─ [614,5 - 616,5]
      ├─ [616,5 - 618,5]
      ├─ [618,5 - 620,5]
      ├─ [620,5 - 622,5]
      ├─ [622,5 - 624,5]
      ├─ [624,5 - 626,5]
      ├─ [626,5 - 628,5]
      ├─ [628,5 - 630,5]
      ├─ [630,5 - 632,5]
      ├─ [632,5 - 634,5]
      ├─ [634,5 - 636,5]
      ├─ [636,5 - 638,5]
      ├─ [638,5 - 640,5]
      ├─ [640,5 - 642,5]
      ├─ [642,5 - 644,5]
      ├─ [644,5 - 646,5]
      ├─ [646,5 - 648,5]
      ├─ [648,5 - 650,5]
      ├─ [650,5 - 652,5]
      ├─ [652,5 - 654,5]
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      ├─ [656,5 - 658,5]
      ├─ [658,5 - 660,6]
      ├─ [660,6 - 662,6]
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      ├─ [666,6 - 668,6]
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      ├─ [686,6 - 688,6]
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      ├─ [696,6 - 698,6]
      ├─ [698,6 - 700,6]
      ├─ [700,6 - 702,6]
      ├─ [702,6 - 704,6]
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      ├─ [710,6 - 712,6]
      ├─ [712,6 - 714,6]
      ├─ [714,6 - 716,6]
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Run: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw
   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2
   ├─ Path: "S:\Proteomics\PRC\PRCRT-336\proteobench\Module_4_DIA_Quantification\RAW\Asral_Spectronaut\LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw"
   ├─ Condition: Condition_A_rep2
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   ├─ Protein Databases Used
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   │     ├─ Protein Entries: 31.889
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   │     ├─ Date Created: 21-May-2025 13:26:58 UTC -07:00 
   │     ├─ Date Modified: 22-May-2025 11:56:32 UTC -07:00 
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   └─ MS2 Method
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Run: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw
   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3
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   ├─ Condition: Condition_A_rep3
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   ├─ Protein Databases Used
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   │     ├─ Protein Entries: 31.889
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   │     ├─ Date Created: 21-May-2025 13:26:58 UTC -07:00 
   │     ├─ Date Modified: 22-May-2025 11:56:32 UTC -07:00 
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   └─ MS2 Method
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   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1
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   ├─ Protein Databases Used
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   │     ├─ Date Created: 21-May-2025 13:26:58 UTC -07:00 
   │     ├─ Date Modified: 22-May-2025 11:56:32 UTC -07:00 
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Run: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw
   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2
   ├─ Path: "S:\Proteomics\PRC\PRCRT-336\proteobench\Module_4_DIA_Quantification\RAW\Asral_Spectronaut\LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw"
   ├─ Condition: Condition_B_rep2
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   │     ├─ Date Modified: 22-May-2025 11:56:32 UTC -07:00 
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Run: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw
   ├─ Vendor: Thermo
   ├─ File: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3
   ├─ Path: "S:\Proteomics\PRC\PRCRT-336\proteobench\Module_4_DIA_Quantification\RAW\Asral_Spectronaut\LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw"
   ├─ Condition: Condition_B_rep3
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   ├─ Protein Databases Used
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   │     ├─ Protein Entries: 31.889
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   │     ├─ Date Created: 21-May-2025 13:26:58 UTC -07:00 
   │     ├─ Date Modified: 22-May-2025 11:56:32 UTC -07:00 
   │     └─ Parsing Rule: UniProt FASTA
   └─ MS2 Method
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      ├─ [948,7 - 950,7]
      ├─ [950,7 - 952,7]
      ├─ [952,7 - 954,7]
      ├─ [954,7 - 956,7]
      ├─ [956,7 - 958,7]
      ├─ [958,7 - 960,7]
      ├─ [960,7 - 962,7]
      ├─ [962,7 - 964,7]
      ├─ [964,7 - 966,7]
      ├─ [966,7 - 968,7]
      ├─ [968,7 - 970,7]
      ├─ [970,7 - 972,7]
      ├─ [972,7 - 974,7]
      ├─ [974,7 - 976,7]
      ├─ [976,7 - 978,7]
      └─ [978,7 - 980,7]

[END-SETUP]

[BEGIN-LOG]
INFO:    [22/05/2025 09:37:11] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 09:37:11] -> Preprocessing Run #1 of 6...
INFO:    [22/05/2025 09:37:11] -> Searching DIA with Pulsar...
INFO:    [22/05/2025 09:37:12] -> Initialize Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 09:37:12] -> Initialize Pipeline
INFO:    [22/05/2025 09:37:16] -> Initialize Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 09:37:16] -> Creating Experiment Environment
INFO:    [22/05/2025 09:37:17] -> SuperRun 1/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw)
INFO:    [22/05/2025 09:37:17] -> Run 1/6: Organizing Data from Run
INFO:    [22/05/2025 09:37:17] -> Run 1/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [22/05/2025 09:37:18] -> Collecting Search Space Parameters...
INFO:    [22/05/2025 09:37:22] -> Creating the Search Space...
INFO:    [22/05/2025 09:37:23] -> Run 1/6: Creating Search Space...
INFO:    [22/05/2025 09:37:23] -> Collecting Search Space Parameters...
INFO:    [22/05/2025 09:37:36] -> Creating the Search Space...
INFO:    [22/05/2025 09:37:36] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [22/05/2025 09:37:36] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [22/05/2025 09:37:36] -> Run 1/6: MS2 Index Generation
INFO:    [22/05/2025 09:38:24] -> Run 1/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [22/05/2025 09:38:24] -> Initializing...
INFO:    [22/05/2025 09:41:33] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [22/05/2025 09:42:32] -> Processed in 4,1m
INFO:    [22/05/2025 09:42:33] -> Done
INFO:    [22/05/2025 09:42:33] -> Run 1/6: Process Raw File...
INFO:    [22/05/2025 09:42:44] -> Run 1/6: Preparing Partitions...
INFO:    [22/05/2025 09:42:44] -> Part 1/1 - Run 1/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [22/05/2025 09:42:45] -> Part 1/1 - Run 1/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 09:42:57] -> Part 1/1 - Run 1/6: Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 09:43:01] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0,01 is 5703 [4,2s]
INFO:    [22/05/2025 09:43:05] -> Part 1/1 - Run 1/6: Preparing Main Search...
INFO:    [22/05/2025 09:43:06] -> Part 1/1 - Run 1/6: Main Search...
INFO:    [22/05/2025 09:45:22] -> Extracting 339616 MS1 XICs
INFO:    [22/05/2025 09:48:04] -> Run 1/6: Cleaning Up Run..
INFO:    [22/05/2025 09:48:04] -> SuperRun 2/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw)
INFO:    [22/05/2025 09:48:04] -> Run 2/6: Organizing Data from Run
INFO:    [22/05/2025 09:48:04] -> Run 2/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [22/05/2025 09:48:04] -> Run 2/6: Creating Search Space...
INFO:    [22/05/2025 09:48:04] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [22/05/2025 09:48:04] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [22/05/2025 09:48:04] -> Run 2/6: MS2 Index Generation
INFO:    [22/05/2025 09:48:05] -> Run 2/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [22/05/2025 09:48:06] -> Initializing...
INFO:    [22/05/2025 09:50:26] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [22/05/2025 09:51:15] -> Processed in 3,2m
INFO:    [22/05/2025 09:51:16] -> Done
INFO:    [22/05/2025 09:51:16] -> Run 2/6: Process Raw File...
INFO:    [22/05/2025 09:51:26] -> Run 2/6: Preparing Partitions...
INFO:    [22/05/2025 09:51:26] -> Part 1/1 - Run 2/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [22/05/2025 09:51:27] -> Part 1/1 - Run 2/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 09:51:38] -> Part 1/1 - Run 2/6: Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 09:51:43] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0,01 is 6021 [4,1s]
INFO:    [22/05/2025 09:51:46] -> Part 1/1 - Run 2/6: Preparing Main Search...
INFO:    [22/05/2025 09:51:46] -> Part 1/1 - Run 2/6: Main Search...
INFO:    [22/05/2025 09:53:53] -> Extracting 339101 MS1 XICs
INFO:    [22/05/2025 09:56:27] -> Run 2/6: Cleaning Up Run..
INFO:    [22/05/2025 09:56:28] -> SuperRun 3/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw)
INFO:    [22/05/2025 09:56:28] -> Run 3/6: Organizing Data from Run
INFO:    [22/05/2025 09:56:28] -> Run 3/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [22/05/2025 09:56:28] -> Run 3/6: Creating Search Space...
INFO:    [22/05/2025 09:56:28] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [22/05/2025 09:56:28] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [22/05/2025 09:56:28] -> Run 3/6: MS2 Index Generation
INFO:    [22/05/2025 09:56:28] -> Run 3/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [22/05/2025 09:56:29] -> Initializing...
INFO:    [22/05/2025 09:59:04] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [22/05/2025 09:59:58] -> Processed in 3,5m
INFO:    [22/05/2025 09:59:58] -> Done
INFO:    [22/05/2025 09:59:58] -> Run 3/6: Process Raw File...
INFO:    [22/05/2025 10:00:08] -> Run 3/6: Preparing Partitions...
INFO:    [22/05/2025 10:00:08] -> Part 1/1 - Run 3/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [22/05/2025 10:00:09] -> Part 1/1 - Run 3/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 10:00:20] -> Part 1/1 - Run 3/6: Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 10:00:25] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0,01 is 5691 [4,3s]
INFO:    [22/05/2025 10:00:28] -> Part 1/1 - Run 3/6: Preparing Main Search...
INFO:    [22/05/2025 10:00:29] -> Part 1/1 - Run 3/6: Main Search...
INFO:    [22/05/2025 10:02:38] -> Extracting 339979 MS1 XICs
INFO:    [22/05/2025 10:05:15] -> Run 3/6: Cleaning Up Run..
INFO:    [22/05/2025 10:05:16] -> SuperRun 4/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw)
INFO:    [22/05/2025 10:05:16] -> Run 4/6: Organizing Data from Run
INFO:    [22/05/2025 10:05:16] -> Run 4/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [22/05/2025 10:05:16] -> Run 4/6: Creating Search Space...
INFO:    [22/05/2025 10:05:16] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [22/05/2025 10:05:16] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [22/05/2025 10:05:16] -> Run 4/6: MS2 Index Generation
INFO:    [22/05/2025 10:05:17] -> Run 4/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [22/05/2025 10:05:17] -> Initializing...
INFO:    [22/05/2025 10:07:36] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [22/05/2025 10:08:28] -> Processed in 3,2m
INFO:    [22/05/2025 10:08:28] -> Done
INFO:    [22/05/2025 10:08:28] -> Run 4/6: Process Raw File...
INFO:    [22/05/2025 10:08:39] -> Run 4/6: Preparing Partitions...
INFO:    [22/05/2025 10:08:39] -> Part 1/1 - Run 4/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [22/05/2025 10:08:39] -> Part 1/1 - Run 4/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 10:08:51] -> Part 1/1 - Run 4/6: Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 10:08:55] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0,01 is 5367 [4,3s]
INFO:    [22/05/2025 10:08:58] -> Part 1/1 - Run 4/6: Preparing Main Search...
INFO:    [22/05/2025 10:08:59] -> Part 1/1 - Run 4/6: Main Search...
INFO:    [22/05/2025 10:10:54] -> Extracting 331309 MS1 XICs
INFO:    [22/05/2025 10:13:10] -> Run 4/6: Cleaning Up Run..
INFO:    [22/05/2025 10:13:10] -> SuperRun 5/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw)
INFO:    [22/05/2025 10:13:10] -> Run 5/6: Organizing Data from Run
INFO:    [22/05/2025 10:13:10] -> Run 5/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [22/05/2025 10:13:10] -> Run 5/6: Creating Search Space...
INFO:    [22/05/2025 10:13:10] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [22/05/2025 10:13:10] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [22/05/2025 10:13:10] -> Run 5/6: MS2 Index Generation
INFO:    [22/05/2025 10:13:11] -> Run 5/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [22/05/2025 10:13:12] -> Initializing...
INFO:    [22/05/2025 10:15:42] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [22/05/2025 10:16:34] -> Processed in 3,4m
INFO:    [22/05/2025 10:16:35] -> Done
INFO:    [22/05/2025 10:16:35] -> Run 5/6: Process Raw File...
INFO:    [22/05/2025 10:16:45] -> Run 5/6: Preparing Partitions...
INFO:    [22/05/2025 10:16:45] -> Part 1/1 - Run 5/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [22/05/2025 10:16:46] -> Part 1/1 - Run 5/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 10:16:57] -> Part 1/1 - Run 5/6: Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 10:17:01] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0,01 is 5816 [4,2s]
INFO:    [22/05/2025 10:17:04] -> Part 1/1 - Run 5/6: Preparing Main Search...
INFO:    [22/05/2025 10:17:05] -> Part 1/1 - Run 5/6: Main Search...
INFO:    [22/05/2025 10:19:22] -> Extracting 331778 MS1 XICs
INFO:    [22/05/2025 10:21:52] -> Run 5/6: Cleaning Up Run..
INFO:    [22/05/2025 10:21:52] -> SuperRun 6/6: Initializing (LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw)
INFO:    [22/05/2025 10:21:52] -> Run 6/6: Organizing Data from Run
INFO:    [22/05/2025 10:21:52] -> Run 6/6: Creating Calibration Search Space...
INFO:    [22/05/2025 10:21:52] -> Run 6/6: Creating Search Space...
INFO:    [22/05/2025 10:21:52] -> Size of search space [MB]: 0
INFO:    [22/05/2025 10:21:52] -> Number of IMPGs in search space: 0
INFO:    [22/05/2025 10:21:52] -> Run 6/6: MS2 Index Generation
INFO:    [22/05/2025 10:21:53] -> Run 6/6: Method-Specific Pre-Processing...
INFO:    [22/05/2025 10:21:54] -> Initializing...
INFO:    [22/05/2025 10:24:29] -> Finalizing HTRMS File...
INFO:    [22/05/2025 10:25:26] -> Processed in 3,5m
INFO:    [22/05/2025 10:25:26] -> Done
INFO:    [22/05/2025 10:25:26] -> Run 6/6: Process Raw File...
INFO:    [22/05/2025 10:25:36] -> Run 6/6: Preparing Partitions...
INFO:    [22/05/2025 10:25:36] -> Part 1/1 - Run 6/6: Preparing Calibration Searches...
INFO:    [22/05/2025 10:25:37] -> Part 1/1 - Run 6/6: First Pass Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 10:25:49] -> Part 1/1 - Run 6/6: Calibration Search...
INFO:    [22/05/2025 10:25:54] -> The number of PSMs identified during calibration with FDR <= 0,01 is 5643 [4,3s]
INFO:    [22/05/2025 10:25:57] -> Part 1/1 - Run 6/6: Preparing Main Search...
INFO:    [22/05/2025 10:25:58] -> Part 1/1 - Run 6/6: Main Search...
INFO:    [22/05/2025 10:28:07] -> Extracting 333898 MS1 XICs
INFO:    [22/05/2025 10:30:28] -> Run 6/6: Cleaning Up Run..
INFO:    [22/05/2025 10:30:34] -> Remove Aborted Runs (if any) from the Experiment...
INFO:    [22/05/2025 10:30:34] -> Score Post-Processing
INFO:    [22/05/2025 10:31:43] -> Score Post-Processing: 1,14m
INFO:    [22/05/2025 10:31:43] -> PSM FDR...
INFO:    [22/05/2025 10:32:09] -> PSM FDR: 25,76s
INFO:    [22/05/2025 10:32:09] -> Converting to non-redundant data structure...
INFO:    [22/05/2025 10:32:24] -> Performing Peptide FDR...
INFO:    [22/05/2025 10:32:27] -> Performing Protein Inference...
INFO:    [22/05/2025 10:32:28] -> Performing Protein FDR...
INFO:    [22/05/2025 10:32:29] -> Calculating Result Values at Run and Experiment Level...
INFO:    [22/05/2025 10:32:38] -> Pulsar identified 315883 PSMs, 67952 stripped sequences, 76005 peptide precursors, 7430 protein groups.
INFO:    [22/05/2025 10:32:38] -> Calculating Summary...
INFO:    [22/05/2025 10:32:41] -> Identifying Calibration Peptides...
INFO:    [22/05/2025 10:32:42] -> iRT Calibration...
INFO:    [22/05/2025 10:32:46] -> Performing directDIA+ search...
INFO:    [22/05/2025 10:33:26] -> Generating directDIA+ search space
INFO:    [22/05/2025 10:36:31] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw
INFO:    [22/05/2025 10:41:15] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw
INFO:    [22/05/2025 10:45:57] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw
INFO:    [22/05/2025 10:50:38] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw
INFO:    [22/05/2025 10:55:02] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw
INFO:    [22/05/2025 10:59:26] -> directDIA+ search: LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw
INFO:    [22/05/2025 11:04:07] -> Performing directDIA+ Post Processing...
INFO:    [22/05/2025 11:04:12] -> Writing experiment store..
INFO:    [22/05/2025 11:04:17] -> Assigning iRT Source...
INFO:    [22/05/2025 11:04:17] -> Calculating iRT...
INFO:    [22/05/2025 11:04:18] -> Cleaning Up Experiment...
INFO:    [22/05/2025 11:04:18] -> Summarizing Identifications
INFO:    [22/05/2025 11:05:23] -> Identifiying Significant Precursors...
INFO:    [22/05/2025 11:05:36] -> Predicting Ion Mobility
INFO:    [22/05/2025 11:05:49] -> Calculating Median iRT
INFO:    [22/05/2025 11:05:51] -> Building BGS Protein Grouping...
INFO:    [22/05/2025 11:05:51] -> Digesting Fasta...
INFO:    [22/05/2025 11:05:52] -> Annotating Proteins...
INFO:    [22/05/2025 11:05:52] -> Grouping Proteins...
INFO:    [22/05/2025 11:05:53] -> Calculating Run Summary Statistics...
INFO:    [22/05/2025 11:06:18] -> Building Consensus Fragment Spectra...
INFO:    [22/05/2025 11:06:56] -> Selecting best fragment ions
INFO:    [22/05/2025 11:09:17] -> Initializing Experiment...
INFO:    [22/05/2025 11:09:17] -> Loading Spectral Libraries...
INFO:    [22/05/2025 11:10:08] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:10:08] -> Generating Scan Map...
INFO:    [22/05/2025 11:10:08] -> Initializing Workpackages...
INFO:    [22/05/2025 11:10:08] -> Performing Basic Calibration...
INFO:    [22/05/2025 11:10:10] -> Identifying Calibration Peptides...
INFO:    [22/05/2025 11:10:10] -> Correcting Gradient Fine Structure...
INFO:    [22/05/2025 11:10:14] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 11:10:14] -> Preprocessing Run #1 of 6...
INFO:    [22/05/2025 11:10:14] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:10:14] -> Extracting Ion Currents...
INFO:    [22/05/2025 11:10:25] -> Machine Learning...
INFO:    [22/05/2025 11:10:27] -> Pipeline executed in 12,97s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:10:32] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 11:10:32] -> Preprocessing Run #1 of 6...
INFO:    [22/05/2025 11:10:32] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:10:32] -> Extracting Ion Currents...
INFO:    [22/05/2025 11:10:53] -> Machine Learning...
INFO:    [22/05/2025 11:10:57] -> Pipeline executed in 25,26s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:11:03] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:11:03] -> Preprocessing Run #2 of 6...
INFO:    [22/05/2025 11:11:03] -> Searching DIA with Pulsar...
INFO:    [22/05/2025 11:11:03] -> Initializing Experiment...
INFO:    [22/05/2025 11:11:03] -> Loading Spectral Libraries...
INFO:    [22/05/2025 11:11:03] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:11:03] -> Generating Scan Map...
INFO:    [22/05/2025 11:11:03] -> Initializing Workpackages...
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INFO:    [22/05/2025 11:11:09] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 11:11:09] -> Preprocessing Run #2 of 6...
INFO:    [22/05/2025 11:11:09] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:11:09] -> Extracting Ion Currents...
INFO:    [22/05/2025 11:11:20] -> Machine Learning...
INFO:    [22/05/2025 11:11:22] -> Pipeline executed in 12,97s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:11:27] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 11:11:27] -> Preprocessing Run #2 of 6...
INFO:    [22/05/2025 11:11:27] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:11:27] -> Extracting Ion Currents...
INFO:    [22/05/2025 11:11:49] -> Machine Learning...
INFO:    [22/05/2025 11:11:53] -> Pipeline executed in 26,42s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:11:58] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:11:58] -> Preprocessing Run #3 of 6...
INFO:    [22/05/2025 11:11:58] -> Searching DIA with Pulsar...
INFO:    [22/05/2025 11:11:58] -> Initializing Experiment...
INFO:    [22/05/2025 11:11:58] -> Loading Spectral Libraries...
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INFO:    [22/05/2025 11:11:58] -> Initializing Workpackages...
INFO:    [22/05/2025 11:11:58] -> Performing Basic Calibration...
INFO:    [22/05/2025 11:12:00] -> Identifying Calibration Peptides...
INFO:    [22/05/2025 11:12:00] -> Correcting Gradient Fine Structure...
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INFO:    [22/05/2025 11:12:04] -> Preprocessing Run #3 of 6...
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INFO:    [22/05/2025 11:12:04] -> Extracting Ion Currents...
INFO:    [22/05/2025 11:12:15] -> Machine Learning...
INFO:    [22/05/2025 11:12:16] -> Pipeline executed in 12,43s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:12:21] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 11:12:21] -> Preprocessing Run #3 of 6...
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INFO:    [22/05/2025 11:12:43] -> Machine Learning...
INFO:    [22/05/2025 11:12:47] -> Pipeline executed in 25,86s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
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INFO:    [22/05/2025 11:12:53] -> Initializing Experiment...
INFO:    [22/05/2025 11:12:53] -> Loading Spectral Libraries...
INFO:    [22/05/2025 11:12:53] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:12:53] -> Generating Scan Map...
INFO:    [22/05/2025 11:12:53] -> Initializing Workpackages...
INFO:    [22/05/2025 11:12:53] -> Performing Basic Calibration...
INFO:    [22/05/2025 11:12:55] -> Identifying Calibration Peptides...
INFO:    [22/05/2025 11:12:55] -> Correcting Gradient Fine Structure...
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INFO:    [22/05/2025 11:12:59] -> Preprocessing Run #4 of 6...
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INFO:    [22/05/2025 11:13:11] -> Pipeline executed in 12,07s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:13:16] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 11:13:16] -> Preprocessing Run #4 of 6...
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INFO:    [22/05/2025 11:13:38] -> Machine Learning...
INFO:    [22/05/2025 11:13:42] -> Pipeline executed in 26s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:13:47] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:13:47] -> Preprocessing Run #5 of 6...
INFO:    [22/05/2025 11:13:47] -> Searching DIA with Pulsar...
INFO:    [22/05/2025 11:13:47] -> Initializing Experiment...
INFO:    [22/05/2025 11:13:47] -> Loading Spectral Libraries...
INFO:    [22/05/2025 11:13:47] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:13:47] -> Generating Scan Map...
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INFO:    [22/05/2025 11:13:53] -> Extracting Ion Currents...
INFO:    [22/05/2025 11:14:04] -> Machine Learning...
INFO:    [22/05/2025 11:14:06] -> Pipeline executed in 12,73s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:14:11] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 11:14:11] -> Preprocessing Run #5 of 6...
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INFO:    [22/05/2025 11:14:11] -> Extracting Ion Currents...
INFO:    [22/05/2025 11:14:32] -> Machine Learning...
INFO:    [22/05/2025 11:14:36] -> Pipeline executed in 25,76s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:14:42] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:14:42] -> Preprocessing Run #6 of 6...
INFO:    [22/05/2025 11:14:42] -> Searching DIA with Pulsar...
INFO:    [22/05/2025 11:14:42] -> Initializing Experiment...
INFO:    [22/05/2025 11:14:42] -> Loading Spectral Libraries...
INFO:    [22/05/2025 11:14:42] -> Initialize Scoring...
INFO:    [22/05/2025 11:14:42] -> Generating Scan Map...
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INFO:    [22/05/2025 11:15:00] -> Pipeline executed in 12,48s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
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INFO:    [22/05/2025 11:15:05] -> Preprocessing Run #6 of 6...
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INFO:    [22/05/2025 11:15:05] -> Extracting Ion Currents...
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INFO:    [22/05/2025 11:15:30] -> Pipeline executed in 25,36s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:15:36] -> Initialize Scoring...
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INFO:    [22/05/2025 11:15:36] -> Generating Decoys...
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INFO:    [22/05/2025 11:18:27] -> Machine Learning...
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INFO:    [22/05/2025 11:18:55] -> Reducing Score Cache...
INFO:    [22/05/2025 11:19:02] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [22/05/2025 11:19:03] -> Unique precursors: 114.655 of 124.143 | modified peptides: 105.163 of 113.680 | peptides: 101.225 of 109.049 |  protein groups: 9.661 (Qvalue <= 0,01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw]
INFO:    [22/05/2025 11:19:03] -> Collapsing Search Tree...
INFO:    [22/05/2025 11:19:03] -> Processed in 3,46m
INFO:    [22/05/2025 11:19:03] -> Initializing QC...
INFO:    [22/05/2025 11:19:04] -> Determining Calibration Parameter...
INFO:    [22/05/2025 11:19:04] -> Assigning ML Features...
INFO:    [22/05/2025 11:19:04] -> Generating Decoys...
INFO:    [22/05/2025 11:19:04] -> Extracting Ion Currents...
INFO:    [22/05/2025 11:21:42] -> Releasing Raw Files...
INFO:    [22/05/2025 11:21:42] -> Machine Learning...
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INFO:    [22/05/2025 11:22:09] -> Releasing Run Resources...
INFO:    [22/05/2025 11:22:10] -> Reducing Score Cache...
INFO:    [22/05/2025 11:22:17] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [22/05/2025 11:22:18] -> Unique precursors: 111.816 of 124.143 | modified peptides: 102.593 of 113.680 | peptides: 98.778 of 109.049 |  protein groups: 9.604 (Qvalue <= 0,01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw]
INFO:    [22/05/2025 11:22:18] -> Collapsing Search Tree...
INFO:    [22/05/2025 11:22:18] -> Processed in 3,23m
INFO:    [22/05/2025 11:22:18] -> Initializing QC...
INFO:    [22/05/2025 11:22:18] -> Determining Calibration Parameter...
INFO:    [22/05/2025 11:22:18] -> Assigning ML Features...
INFO:    [22/05/2025 11:22:18] -> Generating Decoys...
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INFO:    [22/05/2025 11:24:58] -> Machine Learning...
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INFO:    [22/05/2025 11:25:28] -> Reducing Score Cache...
INFO:    [22/05/2025 11:25:35] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [22/05/2025 11:25:35] -> Unique precursors: 112.840 of 124.143 | modified peptides: 103.541 of 113.680 | peptides: 99.682 of 109.049 |  protein groups: 9.592 (Qvalue <= 0,01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw]
INFO:    [22/05/2025 11:25:35] -> Collapsing Search Tree...
INFO:    [22/05/2025 11:25:36] -> Processed in 3,3m
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INFO:    [22/05/2025 11:28:49] -> Unique precursors: 114.028 of 124.143 | modified peptides: 104.569 of 113.680 | peptides: 100.416 of 109.049 |  protein groups: 9.565 (Qvalue <= 0,01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw]
INFO:    [22/05/2025 11:28:50] -> Collapsing Search Tree...
INFO:    [22/05/2025 11:28:50] -> Processed in 3,23m
INFO:    [22/05/2025 11:28:50] -> Initializing QC...
INFO:    [22/05/2025 11:28:50] -> Determining Calibration Parameter...
INFO:    [22/05/2025 11:28:50] -> Assigning ML Features...
INFO:    [22/05/2025 11:28:50] -> Generating Decoys...
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INFO:    [22/05/2025 11:32:03] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [22/05/2025 11:32:04] -> Unique precursors: 116.166 of 124.143 | modified peptides: 106.434 of 113.680 | peptides: 102.206 of 109.049 |  protein groups: 9.591 (Qvalue <= 0,01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw]
INFO:    [22/05/2025 11:32:04] -> Collapsing Search Tree...
INFO:    [22/05/2025 11:32:04] -> Processed in 3,24m
INFO:    [22/05/2025 11:32:04] -> Initializing QC...
INFO:    [22/05/2025 11:32:04] -> Determining Calibration Parameter...
INFO:    [22/05/2025 11:32:04] -> Assigning ML Features...
INFO:    [22/05/2025 11:32:04] -> Generating Decoys...
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INFO:    [22/05/2025 11:34:45] -> Machine Learning...
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INFO:    [22/05/2025 11:35:13] -> Releasing Run Resources...
INFO:    [22/05/2025 11:35:13] -> Reducing Score Cache...
INFO:    [22/05/2025 11:35:20] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [22/05/2025 11:35:21] -> Unique precursors: 114.495 of 124.143 | modified peptides: 104.956 of 113.680 | peptides: 100.807 of 109.049 |  protein groups: 9.551 (Qvalue <= 0,01) [LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw]
INFO:    [22/05/2025 11:35:21] -> Collapsing Search Tree...
INFO:    [22/05/2025 11:35:21] -> Processed in 3,29m
INFO:    [22/05/2025 11:35:21] -> Normalizing Cscores...
INFO:    [22/05/2025 11:35:22] -> Initializing Protein Groups...
INFO:    [22/05/2025 11:35:34] -> Correcting Interferences...
INFO:    [22/05/2025 11:36:00] -> Calculating Global CVs
INFO:    [22/05/2025 11:36:01] -> Calculating Precursor Quantities...
INFO:    [22/05/2025 11:36:01] -> Normalizing Quantification...
INFO:    [22/05/2025 11:36:02] -> Performing Local Normalization...
INFO:    [22/05/2025 11:36:05] -> Calculating Global CVs
INFO:    [22/05/2025 11:36:05] -> Calculating Condition CVs
INFO:    [22/05/2025 11:36:09] -> Excluding Library Duplicates...
INFO:    [22/05/2025 11:36:10] -> Calculating Global CVs
INFO:    [22/05/2025 11:36:10] -> Building Protein Groups...
INFO:    [22/05/2025 11:36:20] -> Calculating Run-Wise Protein Group FDR...
INFO:    [22/05/2025 11:36:23] -> Annotating Protein Single Hits...
INFO:    [22/05/2025 11:36:24] -> Calculating Global CVs
INFO:    [22/05/2025 11:36:24] -> Updating Identification Counts...
INFO:    [22/05/2025 11:36:27] -> Resetting existing imputation...
INFO:    [22/05/2025 11:36:27] -> Calculating Protein Quantities...
INFO:    [22/05/2025 11:36:27] -> Calculating Protein Quantities...
INFO:    [22/05/2025 11:36:27] -> Calculating MaxLFQ Protein Quantities...
INFO:    [22/05/2025 11:36:33] -> Collapsing PTM-Locations...
INFO:    [22/05/2025 11:36:33] -> PTM Stoichiometry calculation...
INFO:    [22/05/2025 11:36:33] -> Creating Protein Map...
INFO:    [22/05/2025 11:36:33] -> Compiling Run Summary Information...
INFO:    [22/05/2025 11:36:33] -> Running Post Analysis Processes...
INFO:    [22/05/2025 11:37:02] -> Saving Qc Data...
INFO:    [22/05/2025 11:37:03] -> Writing Summary Information...
INFO:    [22/05/2025 11:37:03] -> Unique precursors: 114.078 of 124.143 | modified peptides: 104.588 of 113.680 | peptides: 100.650 of 109.049 |  protein groups: 9.185 (Qvalue <= 0,01) for run #1 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP1.raw"
INFO:    [22/05/2025 11:37:03] -> Unique precursors: 111.313 of 124.143 | modified peptides: 102.090 of 113.680 | peptides: 98.275 of 109.049 |  protein groups: 9.175 (Qvalue <= 0,01) for run #2 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP2.raw"
INFO:    [22/05/2025 11:37:03] -> Unique precursors: 112.312 of 124.143 | modified peptides: 103.014 of 113.680 | peptides: 99.155 of 109.049 |  protein groups: 9.146 (Qvalue <= 0,01) for run #3 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_A_REP3.raw"
INFO:    [22/05/2025 11:37:03] -> Unique precursors: 113.421 of 124.143 | modified peptides: 103.963 of 113.680 | peptides: 99.811 of 109.049 |  protein groups: 9.085 (Qvalue <= 0,01) for run #4 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP1.raw"
INFO:    [22/05/2025 11:37:03] -> Unique precursors: 115.515 of 124.143 | modified peptides: 105.785 of 113.680 | peptides: 101.559 of 109.049 |  protein groups: 9.067 (Qvalue <= 0,01) for run #5 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP2.raw"
INFO:    [22/05/2025 11:37:03] -> Unique precursors: 113.909 of 124.143 | modified peptides: 104.371 of 113.680 | peptides: 100.222 of 109.049 |  protein groups: 9.054 (Qvalue <= 0,01) for run #6 "LFQ_Astral_DIA_15min_50ng_Condition_B_REP3.raw"
INFO:    [22/05/2025 11:37:03] -> Unique precursors: 122.451 of 124.143 | modified peptides: 112.046 of 113.680 | peptides: 107.476 of 109.049 |  protein groups: 9.390 (Qvalue <= 0,01) for whole experiment "Proteobench_Module_DIA-Astral"

INFO:    [22/05/2025 11:37:03] -> Saving SNE File...
INFO:    [22/05/2025 11:37:03] -> Storing SNE File: C:\Users\ProtClin\AppData\Roaming\Spectronaut/Results\20250522_093710_Proteobench_Module_DIA-Astral.sne
INFO:    [22/05/2025 11:37:04] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 11:37:04] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [22/05/2025 11:37:04] -> Saving...
INFO:    [22/05/2025 11:37:17] -> Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:37:17] -> Pipeline executed in 13,58s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:37:19] -> Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:37:19] -> Pipeline executed in 2h - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:56:32] -> Initializing Pipeline...
INFO:    [22/05/2025 11:56:32] -> Calculating Qvalues...
INFO:    [22/05/2025 11:56:32] -> Saving...
INFO:    [22/05/2025 11:56:47] -> Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
INFO:    [22/05/2025 11:56:47] -> Pipeline executed in 14,69s - Current Experiment had 0 Warnings and 0 Errors.
[END-LOG]
